永历十五年冬十二月，招讨大将军延平郡王郑成功克台湾，居之。成功，福建南安县石井人，初名森。父芝龙，娶日本士人女田川氏。以天启四年七月十四日，诞于千里滨。是夜万火齐明，远近异之。数岁，芝龙与颜思齐党中为盗，居台湾，往来闽、粤之间。朝议招抚，未久而去。崇祯元年，乃率所部降于督师熊文灿。三年，以平粤盗、征生黎、焚荷兰、收刘香功，迁都督。于是成功在日本已七岁矣。芝龙屡使人请之，不能得，已而归焉。成功丰仪整秀，倜傥有大志，每东向而望其母。常为季父芝豹所屈。叔父鸿逵独伟视焉。读书颖敏，而不治章句。先辈王观光一见，谓芝龙曰：『是儿英物，非尔所及也』。年十五，补博士弟子员，试高等，食饩二十人中。闻虞山钱谦益之名，执贽求学。谦益字之曰大木。金陵有术士视之曰：『此奇男子，骨相非凡，命世雄才，非科甲者』。
永历十五年冬十二月，招讨大将军延平郡王郑成功攻克台湾，并居住在那里。成功，是福建南安县石井人，最初名叫森。父亲郑芝龙，娶了日本士人的女儿田川氏。在天启四年七月十四日，成功出生于千里滨。那天夜里万火齐明，远近的人都觉得奇异。几岁时，郑芝龙与颜思齐一伙人做海盗，住在台湾，往来于闽、粤之间。朝廷商议招安，不久后他们就离开了。崇祯元年，才率领部众向督师熊文灿投降。三年，因平定粤盗、征讨生黎、焚烧荷兰船、收服刘香的功劳，升任都督。这时成功在日本已经七岁了。郑芝龙多次派人去接他，没能接回，后来才回来。成功仪态丰美，相貌堂堂，风流倜傥有大志，常常向东眺望他的母亲。常被叔父郑芝豹所压制。只有叔父郑鸿逵特别看重他。读书聪慧敏捷，却不钻研章句之学。前辈王观光一见到他，对郑芝龙说：“这个孩子是英雄人物，不是你能比的。”十五岁时，补为博士弟子员，考试优等，在二十人中享受膳食津贴。听说虞山钱谦益的名声，就带着礼物去求学。钱谦益给他取字叫大木。金陵有个术士看到他，说：“这是个奇男子，骨相不凡，是当世的雄才，不是科举出身的人。”
北京既陷，福王立江左，改元弘光，封芝宠南安伯，鸿逵靖西伯。二年，唐王即位福京，改元隆武，晋芝龙平西侯，鸿达定西侯，俱加太师。已而成功陛见，帝奇之，抚其背曰：『惜无一女配卿。卿当尽忠吾家，毋相忘也』。因赐姓朱，改名成功，字明俨，对御营中军都督，赐尚方剑，仪同驸马。自是中外皆称「国姓」云。是年日本送归其母。芝龙以拥立非本意，日与文臣忤。一日，成功见帝愁坐，跪奏曰：『陛下郁郁不乐，得无以臣父有异志耶？臣受国厚恩，义不反顾。臣以死捍陛下矣』！及两浙破，关门不戒，芝龙出师，驻不发。三年六月，封成功忠孝伯。八月，帝亲征，驻建宁。武毅伯施福撤关兵归，驾陷汀州，成功南溃。清军猝入泉州，田川氏死焉。芝龙退保安平，军容甚盛，犹预未敢迎师。清贝勒博洛遣人招之，大喜，召成功计事。成功泣谏，不从。遂进降表。至福州，博洛挟以俱北。成功虽遇主列爵，实未尝一日与兵权，意气状貌，犹儒书也。既力谏不听，又痛母死非命，悲歌慷慨，谋起师。携所著儒巾襕衫赴文庙焚之，四拜先师曰，『昔为孺子，今作孤臣。向背弃留，各有作用。谨谢儒服，唯先师鉴之』！高揖而出，禡旗糺旅，声泪并俱。与所善陈辉、张进、施琅、陈霸、施显、洪旭等愿从者九十余人，乘二巨舰，断缆行，收兵南澳，得数千人，文移称「忠孝伯招讨大将军罪臣国姓」，时年二十有三也。
北京沦陷后，福王在江左即位，改年号弘光，封郑芝龙为南安伯，郑鸿逵为靖西伯。二年，唐王在福京即位，改年号隆武，升郑芝龙为平西侯，郑鸿逵为定西侯，都加封太师。不久成功进见皇帝，皇帝认为他奇特，抚着他的背说：“可惜没有一个女儿配给你。你应当尽忠我的家族，不要相忘。”于是赐姓朱，改名成功，字明俨，在御营中担任中军都督，赐予尚方剑，礼仪等同于驸马。从此朝廷内外都称他为“国姓”。这一年日本送回了他的母亲。郑芝龙因为拥立皇帝不是自己的本意，每天与文臣相抵触。一天，成功见皇帝愁容满面地坐着，跪下上奏说：“陛下郁郁不乐，莫不是因为我父亲有异心？臣受国家厚恩，义无反顾。臣将以死保卫陛下！”等到两浙被攻破，关门没有警戒，郑芝龙出兵，却驻扎着不前进。三年六月，封成功为忠孝伯。八月，皇帝亲征，驻守建宁。武毅伯施福撤回关兵归降，皇帝的车驾在汀州遇难，成功向南溃退。清军突然侵入泉州，田川氏遇难。郑芝龙退守安平，军容很盛大，但仍犹豫不敢迎接清军。清贝勒博洛派人招降他，他大喜，召成功来商议事情。成功哭着劝谏，不听。于是进献降表。到了福州，博洛挟持他一起北上。成功虽然遇到皇帝并被封爵，但实际上未曾有一天掌握兵权，他的意气容貌，仍然像个书生。既极力劝谏不被听从，又痛心母亲死于非命，于是悲歌慷慨，谋划起兵。他带着所穿的儒巾襕衫到文庙烧掉，四拜先师说：“从前是孩子，如今是孤臣。去向去留，各有作用。谨此辞去儒服，请先师明鉴！”高高作揖而出，祭旗召集军队，声泪俱下。与他交好的陈辉、张进、施琅、陈霸、施显、洪旭等愿意跟随的有九十多人，乘两艘大船，砍断缆绳出发，在南澳收兵，得到几千人，文移上自称“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”，当时年龄二十三岁。
翌年，遥闻永明王即位肇庆，改元永历，则奉朔提师，归自南澳，旧众稍集。时厦门、金门为郑彩及弟联所踞，乃泊鼓浪屿，与厦门隔带衣。厦门者、中左所也，金门者、浯州也，隶同安，为两岛。七月，会郑彩兄弟伐海澄，不克而还。八月，与鸿逵合攻泉州，败清提督赵国佐于桃花山，追至城下。清军来援，成功回岛，鸿逵舣舟泉港，所在起应。
第二年，远远听说永明王在肇庆即位，改年号永历，于是尊奉正朔率领军队，从南澳归来，旧部逐渐聚集。当时厦门、金门被郑彩和他的弟弟郑联占据，于是停泊在鼓浪屿，与厦门只隔一条衣带水。厦门就是中左所，金门就是浯州，隶属于同安，是两个岛屿。七月，与郑彩兄弟会合攻打海澄，没有攻克而回。八月，与郑鸿逵合攻泉州，在桃花山打败清提督赵国佐，追到城下。清军来援，成功退回岛上，郑鸿逵把船停泊在泉州港，各处都起兵响应。
二年春，帝在桂林。三月，成功伐同安，克之，以叶翼云为知县。进攻泉州。七月，佟国器、陈锦、李率泰率清军至；鸿逵入潮，成功回岛。使如日本请兵，不报。已而清军攻同安，守将邱缙、林壮猷及翼云悉死。十月，帝遣使至岛，封成功威远侯。
二年春，皇帝在桂林。三月，成功攻打同安，攻克，任命叶翼云为知县。进攻泉州。七月，佟国器、陈锦、李率泰率领清军到来；郑鸿逵进入潮州，成功退回岛上。派使者到日本请求出兵，没有答复。不久清军攻打同安，守将邱缙、林壮猷以及叶翼云全部战死。十月，皇帝派使者到岛上，封成功为威远侯。
三年春，帝在肇庆。成功募兵铜山。三月，以施琅、杨才、黄廷、柯宸枢、康明、张英伐漳浦，守将王起凤降。寻下云霄，抵诏安，屯分水关。清军力攻，宸枢死焉。七月，封成功为延平公，随使贡方物，率师入潮，至碣石卫。是年全粤俱奉正朔。
三年春，皇帝在肇庆。成功在铜山招募士兵。三月，派施琅、杨才、黄廷、柯宸枢、康明、张英攻打漳浦，守将王起凤投降。不久攻下云霄，抵达诏安，屯兵分水关。清军全力进攻，柯宸枢战死。七月，封成功为延平公，随即派使者进贡土产，率领军队进入潮州，到达碣石卫。这一年广东全境都尊奉永历正朔。
四年春，伐潮阳，未能下。时两岛为彩、联所踞，其将章云飞恣肆不道。成功密语诸将曰：『两岛吾家，卧榻之侧，岂容他人鼾睡』？乃严部勒，中秋抵厦门，遂并联军，可四万余人，威棱日振。已而杀之。彩率所部之南中渔猎，数年复之，卒于家。十一月，帝在南宁。十二月，清军徇广州，镇帅杜永和奔琼州，成功谋往接之。
四年春，攻打潮阳，未能攻克。当时两岛被郑彩、郑联占据，他们的部将章云飞恣意横行。成功秘密对众将说：“两岛是我的家，卧榻之侧，岂容他人鼾睡？”于是严加部署，中秋抵达厦门，于是合并了郑联的军队，共有四万多人，威势日益振作。不久杀了郑联。郑彩率领部众到南中渔猎，几年后收复了，最后死在家里。十一月，皇帝在南宁。十二月，清军攻占广州，镇帅杜永和逃往琼州，成功谋划去接应他。
五年春正月，率师而南。二月，舟次平海卫。鸿逵弃揭阳回岛。闽抚张学圣按泉，以马得功袭厦门。鸿达未至，郑芝莞无设备，未战而溃。大学士曾会樱死之。鸿逵至，攻得功。得功不得退，使谓鸿逵曰：『公等家属皆在安平，脱得功不出，恐不利公家』。鸿逵患之，且不虞成功之骤至也，逸之。四月，成功至自平海，得功去两日矣。以失律罪杀芝莞。芝莞，成功从叔也。诸将悚惧，兵威复振，凡六万余人。鸿逵泊白沙，筑寨以居。左先锋施琅得罪逃于清。是时帝在安隆所。五月，伐南溪。十一月，败清提督杨名高于小营岭。十二月，伐漳浦，守将杨世德、陈尧策降。
五年春正月，率领军队向南进发。二月，船停泊在平海卫。郑鸿逵放弃揭阳回到岛上。闽抚张学圣巡视泉州，派马得功袭击厦门。郑鸿逵还未到，郑芝莞没有设防，未经交战就溃败了。大学士曾会樱战死。郑鸿逵到达后，攻打马得功。马得功不能撤退，派人告诉郑鸿逵说：“你们的家属都在安平，如果我不出来，恐怕对你不利。”郑鸿逵担心此事，而且没料到成功会突然到来，就放走了他。四月，成功从平海到达，马得功已经离开两天了。因失律之罪杀了郑芝莞。郑芝莞是成功的堂叔。众将惊恐，军队的威势重新振作，共有六万多人。郑鸿逵停泊在白沙，筑寨居住。左先锋施琅得罪后逃往清军。这时皇帝在安隆所。五月，攻打南溪。十一月，在小营岭打败清提督杨名高。十二月，攻打漳浦，守将杨世德、陈尧策投降。
六年春正月，帝在安隆所。成功攻海澄，守将郝文兴降，遂取长泰。中提督甘辉遇清将王进于北溪，鏖战竟日。进败，围之。总督陈锦来援，复败之，锦走泉州。遂破长泰，诸邑俱下。五月，清金衢总兵马逢知来援，突入漳城。成功围之，弗下。防镇门山以水灌之，堤壤不浸。城中食尽，枕藉死者七十余万人。七月，陈锦军于凤山尾，其奴库成栋刺之，以首来献。成功叹曰：『仆隶之人，而背戕其主，是天下无刑也』。赏其功而终杀之。十月，清帅金固山援至，乃解围，收兵保海澄。
六年春正月，皇帝在安隆所。成功攻打海澄，守将郝文兴投降，于是夺取长泰。中提督甘辉在北溪遭遇清将王进，鏖战一整天。王进败退，被包围。总督陈锦来援，又被击败，陈锦逃往泉州。于是攻破长泰，各县城都攻下。五月，清金衢总兵马逢知来援，突入漳州城。成功包围了他，未能攻克。在镇门山筑堤用水灌城，堤坝坏了但水没淹到。城中粮尽，饿死的多达七十余万人。七月，陈锦在凤山尾驻军，他的奴仆库成栋刺杀了他，拿着首级来献。成功感叹说：“做仆隶的人，却背叛杀害他的主人，这是天下没有刑法了。”奖赏了库成栋的功劳但最终杀了他。十月，清帅金固山援军到达，于是解围，收兵保卫海澄。
七年春，帝在安隆所。五月，金固山来攻，城坏百余丈。成功亲立雉堞，左右死者层积，指挥自若，益治军。既而矢炮雨下，成功大呼曰：『天尚赞吾，无落吾军』。须臾下息，炮碎其座。忽一夜，空炮遽发，成功诈谓诸将曰：『是将临城矣』！勒兵持斧以待。曰：『敌至方砍』。清军落濠入郛，众御之。固山宵遁，澄守益坚。当是时，沿海骚俶，饟馈不赡。以黄恺为饷镇。恺少有才，阴事招权，成功收而杀之。郑氏军兴以来，兵律严肃，无所淫戮。军行之间，妇人孺子至与争道，故民尤爱之。
七年春，皇帝在安隆所。五月，金固山来攻，城墙被毁一百多丈。成功亲自站在城垛上，左右死伤者层层堆积，他指挥若定，更加整饬军队。不久箭和炮石如雨下，成功大喊道：“上天还在保佑我，不要让我的军队倒下。”不一会儿雨停了，炮石砸碎了他的座席。忽然一夜，空炮突然发射，成功假装对众将说：“敌军要临城了！”勒令士兵持斧等待。说：“敌人到了才砍。”清军掉进壕沟、进入外城，众人抵御他们。金固山连夜逃跑，海澄的防守更加坚固。在这个时候，沿海骚动混乱，粮饷供应不足。任命黄恺为饷镇。黄恺年少有才，暗中弄权，成功逮捕并杀了他。郑氏军队兴起以来，军纪严格，没有滥杀。行军时，妇女小孩甚至能与军队争道，所以百姓尤其爱戴他们。
八年春，清廷以郑、贾二员来讲，封成功海澄公、芝龙同安伯、鸿逵奉化伯、芝豹左都督。成功不从。于是置芝龙于高俎，戍芝豹于宁古塔。成功不顾。十月，伐漳州，镇标刘国轩开门降，十邑俱下，乘势略泉州属邑，守将韩尚亮力守。当是时，水陆兵势，熛至风起，浸寻衍溢，分所部为七十二镇。改中左所为思明，以邓会知州事。立储贤馆、储材馆、察言司、宾客司，设印局、军器诸局。令六官分理国事。以壬午举人潘赓昌为吏官兼户官；丙戌举人陈宝钥为礼官，世职张光启为兵官，浙人程应璠为刑官，戊子举人冯澄世为工官。奉盬国鲁王、泸溪王、宁靖王居金门。凡诸宗室，悉赡给之。礼待避乱搢绅王忠孝、卢若腾、沈佺期、辜朝荐、徐孚远、纪许国等，皆名客也。军国大事，时谘问焉。凡所便宜封拜，辄朝服北向稽首，望永历帝坐，疏而焚之。
八年春，清廷派郑、贾二人来讲和，封成功为海澄公、郑芝龙为同安伯、郑鸿逵为奉化伯、郑芝豹为左都督。成功不服从。于是把郑芝龙放在高俎上（作为人质），把郑芝豹流放到宁古塔。成功不顾。十月，攻打漳州，镇标刘国轩开门投降，十个县城都攻下，乘势攻取泉州所属各县，守将韩尚亮奋力防守。在这个时候，水陆军队的声势，如风起云涌，逐渐扩展，把部队分为七十二镇。改中左所为思明，任命邓会为知州事。设立储贤馆、储材馆、察言司、宾客司，设置印局、军器等各局。命令六官分理国事。任命壬午举人潘赓昌为吏官兼户官；丙戌举人陈宝钥为礼官，世职张光启为兵官，浙人程应璠为刑官，戊子举人冯澄世为工官。尊奉监国鲁王、泸溪王、宁靖王住在金门。所有宗室，都供给赡养。礼遇避乱的搢绅王忠孝、卢若腾、沈佺期、辜朝荐、徐孚远、纪许国等，都是名客。军国大事，时常咨询他们。凡是有便宜封拜的事，就穿着朝服向北叩头，望着永历帝的座位，上疏后烧掉。
九年春，帝在安隆所。正月，以林胜伐仙游。五月，拜定西侯张名振为元帅，忠靖伯陈辉副之。以二十四镇入长江。加户官洪旭为水师右军，北镇陈六御为五军戎政，偕伐舟山，克之。已而清军来袭，六御死焉。台州镇马信、宁波镇张宏德均来归。六月，堕安平镇及漳州、惠安、南安、同安。七月，使如日本，修旧好也。十一月，清定远大将军济度入闽，成功回岛。
九年春，皇帝在安隆所。正月，派林胜攻打仙游。五月，拜定西侯张名振为元帅，忠靖伯陈辉为副帅。率二十四镇进入长江。加封户官洪旭为水师右军，北镇陈六御为五军戎政，一起攻打舟山，攻克。不久清军来袭，陈六御战死。台州镇马信、宁波镇张宏德都前来归附。六月，攻陷安平镇及漳州、惠安、南安、同安。七月，派使者到日本，修复旧好。十一月，清定远大将军济度进入福建，成功退回岛上。
十年春，帝在安隆所，嗣入云南。正月，济度辄侵略沿海。三月，攻两岛，遇风而还。四月，以苏茂、黄梧伐碣阳，不克，斩茂以徇。梧惧诛，以海澄降清，重地也。甘辉闻乱，进攻不胜，乃人土城取蓄积归。遂奉成功破闽安，逼福州，转略温、台等郡，浙东俱震。
十年春天，皇帝住在安隆所，随后进入云南。正月，济度就侵略沿海地区。三月，攻打两座岛屿，遇到大风就返回了。四月，派苏茂、黄梧攻打碣阳，没能攻克，就斩了苏茂来示众。黄梧害怕被杀，把海澄这个重要地方献给清朝投降。甘辉听说叛乱，进攻没能取胜，就进入土城取了积蓄回来。于是奉郑成功之命攻破闽安，逼近福州，转而攻取温州、台州等郡，浙东地区都震动了。
十一年春三月，帝在云南。鸿逵卒于浯州。成功回岛。寻遣将城福州峡江牛心塔，以陈斌、林铭、杜辉等守之。清军来攻，铭、辉退，斌无援降，嗣被杀。甘辉、周全斌等攻宁德，斩满帅阿克襄，一军大震。
十一年春三月，皇帝在云南。郑鸿逵死在浯州。郑成功率军回到岛上。不久派将领在福州峡江牛心塔筑城，派陈斌、林铭、杜辉等人守城。清军来进攻，林铭、杜辉撤退，陈斌没有援军就投降了，后来被杀。甘辉、周全斌等人攻打宁德，斩了满族主帅阿克襄，全军大为震动。
十二年春正月，帝在滇城。遣漳平伯周金汤航海至思明，晋成功延平郡王、甘辉崇明伯、张万礼建安伯、黄廷永安伯、郝文兴庆都伯、王季山祥符伯，余各拜爵有差。乃议大举，往复南京。七月，以黄廷为前提督、洪旭为兵官、郑泰为户官，留守两岛，部署诸将。排力士身披铁，画以朱碧彪文，留其两目，执斩马大刀，陈于行首，但砍马足，号曰「铁人」，望者以为神兵，左虎卫陈魁统之。甲士十七万、习流五万、习马五千、铁人八千，号八十万，戈船八千，扬帆北上。至浙江，克乐清等县。次于羊山，为飓所破，飘没八千余人，幼子睿、裕、温皆死。乃泊滃洲理楫。
十二年春正月，皇帝在滇城。派漳平伯周金汤航海到思明，晋封郑成功为延平郡王、甘辉为崇明伯、张万礼为建安伯、黄廷为永安伯、郝文兴为庆都伯、王季山为祥符伯，其余各人都按不同等级封爵。于是商议大举进军，反复攻打南京。七月，任命黄廷为前提下督、洪旭为兵官、郑泰为户官，留守两岛，部署各位将领。挑选大力士身穿铁甲，画上红绿色猛虎花纹，只露出两只眼睛，手持斩马大刀，排在队伍最前面，专砍马腿，号称“铁人”，远远望去以为是神兵，由左虎卫陈魁统领。有甲兵十七万、水兵五万、骑兵五千、铁人八千，号称八十万，战船八千艘，扬帆北上。到了浙江，攻克乐清等县。驻扎在羊山，被飓风打破，吹走淹死八千多人，幼子郑睿、郑裕、郑温都死了。于是停泊在滃州修理船只。
十三年春正月，帝在永昌。五月，师出崇明，诸将请先取之，不听。六月，移吴淞江口，入江阴。七月，至焦山，祭告天地、百神及太祖、崇祯、隆武诸帝，痛哭誓师，众皆感激。时清军已据上流，防御甚坚，以铁锁横江，谓之「滚江龙」。成功谓诸将曰：「瓜、镇为金陵门户，须先取之」。授诸将机宜。令程应璠督右提督马信、前锋镇余新等进夺谭家洲炮城。又遣材官张亮督善水者荡舟行，即进据瓜州上游，毁木城。大船由南，小舟由北，自督亲军及中提督甘辉、左旗提督翁天佑、先锋镇杨祖，建大将旗鼓，直捣瓜州。清将朱衣祚、左云龙等率满、汉骑兵一万，背港而军。战方合，张亮已断滚江龙，扬帆直进。右武卫周全斌率兵带甲浮水登岸，直破其阵，斩云龙于桥下。衣祚奔城。正兵镇韩英夺门而入，登城树帜。全斌登江介之山以望，麾兵疾进，陷西北隅以入。满兵尽歼。获衣祚，逸之。后提督万礼亦绕瓜州之后，溃其余卒。清军大败，死者不可胜数。以援剿左镇守瓜州，监纪推官柯平为江防。命兵部侍郎张煌言、督理戎政杨朝栋、兵部主事袁起震督阮美及罗蕴章等进取芜湖。遂乱扬子，趣镇江。清提督管效忠率云南之兵数万分道驰至，夜扎银山，以骑兵当大路。成功以银山为必争之地，夺而据之，列阵以待。迟明，清军分五道而来，三萃郑垒，不动，骑射如雨。成功令发火炮，多鼓钧声，屋瓦皆震。清军下马死战。薄午，郑军益奋，遂大败之，喋血填濠，效忠仅以身免。明日，镇江守将高谦、知府戴可进等来降。成功登京岘之山，大飨士卒，慷慨赋诗。命全斌、黄昭守镇江，属邑俱下。以张煌言、杨朝栋招抚江南，袁起震、徐长春招抚江北。于是常州、徽州、池州、太平、滁、和、六合等府豪杰多起兵应。清廷大恐，议援兵。甘辉进曰：『瓜、镇为南北咽喉，但坐镇此，断瓜州则山东之师不下；据北固则两浙之路不通；南都可不劳而定矣』。不听，率师登舟径取南京，传檄四方。八月，至观音门。以黄安总督水师，守三叉河口。率所部由凤仪门登岸，军山。招诸将登闽江楼，以望建业王气。令诸舟列于江东门外；自率十余骑，躬历城下，度营垒。分屯汉西门、观音山，独与五亲军驻岳庙山，留先锋镇、中冲镇于狮子山，欲久困之。南京守将梁化凤约期降，许之。甘辉谏曰：『以臣观之，则尚速也。夫兵贵先声，彼众我寡，及其熸且未定，则势可拔。若彼集御固，缓难图也。君必悔之』。不听。既而清军以千骑试前锋营，余新败之，遂轻敌无备，纵军捕鱼。成功令张英驰让之，新犹故。化凤知其弛，由凤仪门穴城，乘夜衔枚，直薄新营。新不及甲，仓皇拒战，遂被禽，副将董延中、萧拱柱死焉。成功闻凤仪门炮声，遣翁天佑援之，已无及矣。越二日，清军以步卒数千，出观音门，直捣中坚。成功率亲军右虎卫陈鹏、右冲锋张万禄击败之。清军复以数万从山后出，薄左先锋营。杨祖拒之，三合三却。后劲镇杨正、援剿右镇姚国泰败走。前冲锋镇蓝衍、行军司马张英死于堪岩之下。清军从山上出击，右武卫林胜、左虎卫陈魁俱力战死。后提督张万礼独战以大桥头，杀人最多，无援而覆。副将魏标、朴世用、洪复、督理户官潘赓、锺仪卫等皆战没，唯左右提督、右虎卫、右冲锋，援剿后镇之军独全。成功麾军退，争舟而渡。甘辉殿，且战且却，至江，骑能属者三十余人，凡所击杀数百十人，马踬被获，死焉。成功既至镇江，议还岛。以马信、韩英督舟师守江口，周全斌、黄昭、吴豪为殿，余军次第而退。九月，攻崇明，不下，正兵镇王起凤阵没。以陈辉、阮美、罗蕴章等守舟山。刘猷与清军战于温州，败绩死之。十月，师至思明，建忠臣祠；以甘辉为首。
十三年春正月，皇帝在永昌。五月，军队从崇明出发，将领们请求先攻下崇明，郑成功不听。六月，转移到吴淞江口，进入江阴。七月，到达焦山，祭告天地、各路神祇以及太祖、崇祯、隆武等皇帝，痛哭宣誓出征，众人都很感动。这时清军已经占据上游，防御很坚固，用铁锁横在江上，称为“滚江龙”。郑成功对将领们说：“瓜洲、镇江是金陵的门户，必须先攻下它们。”授予将领们机宜。命令程应璠督率右提督马信、前锋镇余新等人进军夺取谭家洲炮城。又派材官张亮督率擅长游泳的人荡舟前行，立即进占瓜州上游，毁掉木城。大船从南边，小船从北边，郑成功亲自督率亲军以及中提督甘辉、左旗提督翁天佑、先锋镇杨祖，竖起大将旗帜和战鼓，直捣瓜州。清将朱衣祚、左云龙等人率领满汉骑兵一万人，背靠港口列阵。刚交战，张亮已经截断了滚江龙，扬帆直进。右武卫周全斌率兵穿着铠甲游水登岸，直接攻破敌阵，在桥下斩了左云龙。朱衣祚逃奔进城。正兵镇韩英夺门而入，登上城头树起旗帜。周全斌登上江边的山瞭望，指挥军队急速前进，攻破西北角进入城内。满兵被全部歼灭。俘获了朱衣祚，又放了他。后提督万礼也绕到瓜州后面，击溃了其余的清军。清军大败，死的人多得数不清。派援剿左镇守瓜州，监纪推官柯平负责江防。命令兵部侍郎张煌言、督理戎政杨朝栋、兵部主事袁起震督率阮美和罗蕴章等人进军攻取芜湖。于是渡过扬子江，直扑镇江。清提督管效忠率领云南兵数万人分路快速赶到，夜里在银山扎营，用骑兵挡住大路。郑成功认为银山是必争之地，就夺取并占据了它，列阵等待。天快亮时，清军分五路而来，三路集中攻打郑成功的营垒，郑军不动，骑兵箭如雨下。郑成功命令开炮，鼓声震天，屋瓦都震动了。清军下马死战。将近中午时，郑军更加奋勇，于是大败清军，血流成河填满了壕沟，管效忠只身逃脱。第二天，镇江守将高谦、知府戴可进等人来投降。郑成功登上京岘山，大宴士兵，慷慨赋诗。命令周全斌、黄昭守镇江，属下的县都攻下了。派张煌言、杨朝栋招抚江南，袁起震、徐长春招抚江北。于是常州、徽州、池州、太平、滁州、和州、六合等府的豪杰大多起兵响应。清廷非常恐惧，商议派援兵。甘辉进言说：“瓜洲、镇江是南北的咽喉要地，只要坐镇这里，切断瓜州那么山东的军队就下不来；占据北固山那么两浙的道路就不通；南京可以不费力气就平定了。”郑成功不听，率领军队登船直接攻取南京，传檄四方。八月，到达观音门。派黄安总督水师，守卫三叉河口。率领所部从凤仪门登岸，驻军在山。招集将领们登上闽江楼，观望南京的王气。命令各船列队在江东门外；亲自率领十多名骑兵，亲自来到城下，测量营垒位置。分兵屯驻汉西门、观音山，只和五支亲军驻在岳庙山，留下先锋镇、中冲镇在狮子山，想长期围困南京。南京守将梁化凤约定日期投降，郑成功答应了。甘辉劝谏说：“依我看，还是应该快点攻城。用兵贵在先声夺人，敌众我寡，趁他们士气低落还没稳定的时候，就可以攻下。如果他们集结起来防御坚固，拖延下去就难办了。您一定会后悔的。”郑成功不听。不久清军派一千骑兵试探前锋营，余新打败了他们，于是轻敌没有防备，放任军队捕鱼。郑成功命令张英急速去责备他，余新还是老样子。梁化凤知道他们松懈了，从凤仪门挖开城墙，趁着夜里衔枚静声，直扑余新的营地。余新来不及披甲，仓促迎战，结果被俘，副将董延中、萧拱柱战死。郑成功听到凤仪门的炮声，派翁天佑去救援，已经来不及了。过了两天，清军派几千步兵从观音门出来，直捣中军。郑成功率亲军右虎卫陈鹏、右冲锋张万禄打败了他们。清军又派几万人从山后出来，逼近左先锋营。杨祖抵抗他们，交战三次退了三次。后劲镇杨正、援剿右镇姚国泰败逃。前冲锋镇蓝衍、行军司马张英死在陡坡之下。清军从山上出击，右武卫林胜、左虎卫陈魁都力战而死。后提督张万礼独自在大桥头作战，杀人最多，没有援军而覆没。副将魏标、朴世用、洪复、督理户官潘赓、锺仪卫等人都战死了，只有左右提督、右虎卫、右冲锋、援剿后镇的军队得以保全。郑成功指挥军队撤退，抢船渡江。甘辉殿后，边战边退，到了江边，能跟上的骑兵只有三十多人，总共杀敌几百人，马被绊倒被俘，遇害。郑成功到了镇江之后，商议回岛。派马信、韩英督率水师守江口，周全斌、黄昭、吴豪殿后，其余军队依次撤退。九月，攻打崇明，没攻下，正兵镇王起凤阵亡。派陈辉、阮美、罗蕴章等人守舟山。刘猷和清军在温州交战，战败而死。十月，军队回到思明，建立忠臣祠；以甘辉为首。
十四年春，帝在缅甸。五月，清廷以将军达素、总督李率泰会师来伐。大船出漳州、小船出同安，檄广东降将许隆、苏利等分道而至。成功以陈鹏督诸部守高崎，遏同安；郑泰出浯州，绝广东；而自勒诸部，扼海门。海门在海澄之口；命五府陈尧策传令诸将，碇海中流，按军不动，扬徽而鼓。令未毕，漳船猝至。诸将仓卒受命，莫敢先发。闽安侯周瑞为清军所乘，与尧策俱死。陈辉举火，满兵高跃，船乃得出。既得上流，成功自手旗起师，引巨舰横击之。风吼涛立，一海皆动。北人不谙水，皆退，眩晕而不能军，僵尸布海。有满兵二百余人弃舟登圭屿，命之降，宵溺之。是日同安船趣高崎。陈鹏约降，饬所部勿动。清军恃应，船未近，涉水争先。其将陈蟒不与谋，曰：『事急矣，当决死』。麾所属与殿兵镇陈章合击，清兵披甲退陷于淖，死者十七八，首领哈喇土星止焉，杀满兵一千六百余人。收辉戮之，以蟒代。苏利等后二日至，知诸路告衄，望太武山而还。素自杀于福州。于是竟成功之世，无敢议覆岛者。
十四年春，皇帝在缅甸。五月，清廷派将军达素、总督李率泰会师来讨伐。大船从漳州出发，小船从同安出发，传檄广东降将许隆、苏利等人分路赶来。郑成功派陈鹏督率各部守高崎，阻挡同安方向的清军；郑泰出浯州，切断广东方向的清军；而自己督率各部，扼守海门。海门在海澄的出海口；命令五府陈尧策传令各位将领，把船碇泊在海中流，按兵不动，举起旗帜击鼓。命令还没说完，漳州来的船突然到了。将领们仓促受命，没人敢先动手。闽安侯周瑞被清军攻击，和陈尧策一起战死。陈辉放火，满兵高高跳起，船才得以出去。到了上游之后，郑成功亲自挥旗起兵，指挥巨舰横击清军。风吼浪立，整个海都震动了。北方人不熟悉水性，都后退，头晕眼花无法作战，尸体布满海面。有二百多满兵弃船登上圭屿，郑成功命令他们投降，夜里把他们淹死了。这天同安来的船驶向高崎。陈鹏约定投降，命令所部不要动。清军仗着有内应，船还没靠岸，就涉水争先。陈鹏的部将陈蟒没有参与这个阴谋，说：“事情紧急了，应当决一死战。”指挥所属部队和殿兵镇陈章合击，清兵穿着铠甲退却陷在泥沼里，死了十分之七八，首领哈喇土星也死在那里，共杀满兵一千六百多人。事后郑成功把陈鹏抓来杀了，用陈蟒代替他。苏利等人晚了两天到，知道各路都失败了，望着太武山就回去了。达素在福州自杀。从此直到郑成功去世，没有人敢再议论攻打岛屿的事。
十五年春，帝在缅甸。成功议取台湾，克之；语在开辟纪。十二月，以热兰遮城为安平镇，改名王城；建桔秩门，志故土也；赤嵌城为承天府；总曰东都。设府一、县二。以杨朝栋为承天府尹，祝敬为天兴知县，庄之列为万年知县。澎湖别设安抚司。各戍重兵。以周全斌总督南北诸路。已而杨朝栋、祝敬有罪，杀之，以郑省英为府尹，黄安守安平。率何斌、马信、杨祥、萧拱辰等，带铳手三百、牌手三百、弓手三百，巡视番社，锡以烟布。番酋大悦，率众归诚，听约束。既归，大会诸镇。成功曰：『为治之道，在于足食。足食之后，乃可足兵。今赖皇天之灵、诸将之力，克有兹土，岂敢为宴安之计？然而食之者众，作之者寡，倘一旦匮饷，师不宿饱，则难以固邦家。今台湾土厚泉甘，膏壤未辟，当用寓兵于农之法，庶可以足食而后足兵。然后观时而动，以谋光复也』。黄安曰：『开强辟土，创业万世，诸将自当遵行。但其法何如？愿垂明教』。成功曰：『夫法古者可以制宜，明时者可以图治。古者量人受田，量地取赋。至商虽变为井田，亦行九一之法。周代因之，乡出师徒，里出车马，兵民无分。及秦始废井田，后代不改，故兵自为兵，民自为民，筹饷转输，屡为国患。故善为将者不得不行屯兵之法；如充国之屯羌中，诸葛之屯斜谷，姜维之屯汉中，杜预之屯襄阳，而后战无乏粮，守无饥色。若夫元代之分地立法，太祖之设卫安军，乃天下已平，恐虚糜空乏，故为农者七，为兵者三，非无故也。今台湾为新创之地，虽僻处海滨，安敢忘战？故行屯田之法，仅留勇卫、侍卫二旅以守安平、承天，余镇各按分地，分赴南北开垦，使野无旷土，而军有余粮。三年之后，乃定赋税。农隙之时，训以武事，俾无废弛。有事则执戈以战，无事则负耒而耕，而后可以图长治也』。诸将皆听命而行。于是五军、果毅各镇赴曾文溪之北，前锋、后劲、左冲各镇赴二层行溪之南，各择地屯兵，插竹为社，斩茅为屋，而养军无患。
十五年春，皇帝在缅甸。郑成功商议攻取台湾，攻克了；具体记载在开辟纪。十二月，把热兰遮城改为安平镇，改名王城；修建桔秩门，以纪念故土；把赤嵌城改为承天府；总称为东都。设一府二县。任命杨朝栋为承天府尹，祝敬为天兴知县，庄之列为万年知县。澎湖另外设置安抚司。各处驻守重兵。任命周全斌为南北各路总督。不久杨朝栋、祝敬有罪，杀了他们，任命郑省英为府尹，黄安守安平。率领何斌、马信、杨祥、萧拱辰等人，带着火枪手三百、盾牌手三百、弓箭手三百，巡视番社，赏给他们烟叶和布匹。番族首领非常高兴，率领部众归顺，听从约束。回来之后，大聚会各位将领。郑成功说：“治理的办法，在于粮食充足。粮食充足之后，才能兵力充足。现在靠皇天的神灵、各位将领的力量，攻克了这块土地，怎么敢做贪图安逸的打算？但是吃饭的人多，种地的人少，如果一旦缺粮，军队不能经常吃饱，那么就难以巩固国家。现在台湾土地肥沃泉水甘甜，肥沃的土地还没有开垦，应当采用寓兵于农的办法，或许可以粮食充足然后兵力充足。然后看时机行动，来谋求光复。”黄安说：“开疆拓土，创立万世基业，各位将领自然应当遵行。但是具体办法如何？希望您明白教导。”郑成功说：“效法古人可以制定合适的制度，明白时势可以谋求治理。古代按人口授田，按土地征收赋税。到商朝虽然变为井田制，也实行九一税法。周朝沿袭下来，乡里出兵徒，邻里出车马，兵民不分。到秦朝开始废除井田制，后代不再改变，所以兵自为兵，民自为民，筹粮转运，多次成为国家的祸患。所以善于为将的人不得不实行屯兵的办法；如赵充国在羌中屯田，诸葛亮在斜谷屯田，姜维在汉中屯田，杜预在襄阳屯田，之后作战没有缺粮的，守城没有挨饿的。至于元代的分地立法，太祖设置卫所安定军队，是因为天下已经平定，担心虚耗空乏，所以七成务农，三成当兵，不是没有原因的。现在台湾是新开创的地方，虽然地处偏僻的海滨，怎么敢忘记战争？所以实行屯田的办法，只留下勇卫、侍卫二旅来守卫安平、承天，其余各镇各自按分配的地盘，分赴南北开垦，使田野没有荒地，而军队有余粮。三年之后，再确定赋税。农闲的时候，训练武事，使之不荒废。有事就拿起武器作战，无事就扛着锄头耕种，这样以后才能谋求长治久安。”各位将领都听从命令而行。于是五军、果毅各镇前往曾文溪以北，前锋、后劲、左冲各镇前往二层行溪以南，各自选择地方屯兵，插竹竿作为社界，砍茅草盖房子，从此供养军队没有忧患。
十六年春正月朔，成功朝诸将于安平镇，遥拜帝座。嗣闻清人弃芝龙于北京，子孙皆被害，擗踊哭泣，令诸镇守丧。先是清人从降将黄梧之策，迁山东、江、浙、闽、粤沿海居民，尽入内地，禁出海，以绝接济，并毁郑氏祖坟。成功闻之，叹曰：『使吾徇诸将意，不自断东征得一块土，英雄无用武之地矣！沿海幅员上下数千里，尽委而弃之，使田庐坵墟，坟墓无主，寡妇孤儿，望哭天末，唯吾之故。以今虽披猖，亦复何用，但当收拾残民，移我东土、辟地休兵，养精蓄锐，以待天下之清未晚也』。当是时，帝在滇城，或曰杀矣，或曰幽矣，或曰遁矣，成功犹奉朔称永历。成功治军严，诸镇莫敢犯。马信谏曰：『立国之初，宜用宽典』。成功曰：『不然。法贵于严，庶无积弊，后之守者，自为易冶。是故子产治郑，孔明治蜀，莫不用严。况台湾为新创之地，非严无以治军，非严无以统众，唯在制宜而已』。三月，以洪开、祁辟等十人管社事。命诸将各移眷入台。南澳镇陈豹不从，讨之，以杜辉留守。
十六年春正月初一，郑成功在安平镇会朝各位将领，遥拜皇帝的宝座。不久听说清朝把郑芝龙丢弃在北京，子孙都被害，郑成功捶胸顿足痛哭，命令各镇守丧。在此之前清朝采纳降将黄梧的计策，迁移山东、江苏、浙江、福建、广东沿海居民，全部迁入内地，禁止出海，以断绝接济，并捣毁了郑家的祖坟。郑成功听说后，感叹说：“假使我听从各位将领的意见，不自己决断东征得到一块土地，英雄就没有用武之地了！沿海上下数千里幅员，全部抛弃荒废，使田园房屋变成废墟，坟墓无人祭扫，寡妇孤儿，望着天边痛哭，都是因为我的缘故。现在虽然猖獗，又有什么用，只应当收拾残剩的百姓，迁移到我们东边的土地上，开辟土地休战，养精蓄锐，等待天下平定也不晚。”这个时候，皇帝在滇城，有人说被杀，有人说被囚禁，有人说逃跑了，郑成功仍然奉行永历正朔。郑成功治军严厉，各镇没人敢违犯。马信劝谏说：“建国之初，应该用宽大之法。”郑成功说：“不对。法贵在严厉，才能没有积弊，后代守成的人，自然容易治理。所以子产治理郑国，诸葛亮治理蜀国，没有不用严法的。何况台湾是新开创的地方，不严厉就无法治军，不严厉就无法统率部众，只在因地制宜而已。”三月，派洪开、祁辟等十人管理社务。命令各位将领各自把家眷迁到台湾。南澳镇陈豹不服从，就讨伐他，派杜辉留守。
初，罗马神父李科罗在厦传教，成功礼之，延为幕客。当是时，华人之在吕宋者数十万人，久遭西人苛待。诸将议取吕宋为外府。成功使李科罗至马尼拉，说吕宋总督入贡，而阴檄华侨起事，将以舟师援之。事泄，西人戒严，集兵马尼拉，毁城裂砦，以防窃踞。而华人已起矣，鏖战数日夜，终不敌，死者数万人。或驾小舟至台湾，多溺死。成功抚之，而吕宋仍俶扰，又虑郑师往讨，乃命使者随李科罗乞和。诸将欲问罪，未出师，而成功病革矣。
当初，罗马神父李科罗在厦门传教，郑成功以礼相待，请他做幕僚。这个时候，在吕宋的华人几十万人，长期遭受西洋人的苛待。各位将领商议攻取吕宋作为外府。郑成功派李科罗到马尼拉，劝说吕宋总督入贡，而暗中传檄华侨起事，将派水师去救援。事情泄露，西洋人戒严，集结军队于马尼拉，毁坏城墙拆毁营寨，以防被偷袭占领。而华人已经起事了，激战数日夜，终究打不过，死了几万人。有的驾驶小船到台湾，大多淹死了。郑成功抚恤他们，而吕宋仍然骚乱，又担心郑军去讨伐，就派使者随李科罗来求和。各位将领想问罪，还没出兵，郑成功的病就重了。
成功有子十人。世子经年十九，居厦门，与乳媪通、生子以闻。成功大怒，令董昱、洪有鼎至厦，谕郑泰监杀经及董夫人，以教子不严也。诸部大惊。又闻成功病，谋保全之。谓经子也，不可拒父，诸部臣也，不可拒君；唯泰于成功为兄行，谓兄可拒弟，乃杀乳媪及儿以报。成功不肯，解佩剑与昱命再至厦。适周全斌自南澳回，亦奉命。诸将诱执之。夏五月初八日，成功病革，尚登台望海。乃冠带，请太祖训出，坐胡床，命左右进酒，折阅二帙，叹曰：『吾有何面目见先帝于地下哉』！遂薨于路寝，年三十有九。台人以其弟袭为护理。十四日，讣至，经嗣位，发丧，修表达行在。闻袭将为东都主，经骇然。乃出全斌为五军都督，陈永华为咨议参军，冯锡范为侍卫，整师欲东。秋七月，清靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰遣人来讲，经不从。泰等请经。经曰：『吾将东，诸君善图之』。议照朝鲜事例，派中军都督杨来嘉答之。不报。来嘉还。以忠振伯洪旭、永安侯黄廷辅泰守厦门，并论铜山、南澳诸将，毋废战守。冬十月，经至澎湖，历巡各岛，乃赴台。黄昭、萧拱宸谋拒经，陈师海澨，为全斌所杀。众倒戈，经免胄示之。黄安大呼曰：『此吾君之子也，其速往迎』！经遂入王城。袭入见，复为叔侄如初。十一月，率全斌巡视南北二路，镇抚诸番。
郑成功有十个儿子。世子郑经十九岁，住在厦门，和乳母通奸，生下儿子后报告给郑成功。郑成功大怒，命令董昱、洪有鼎到厦门，指示郑泰监督杀死郑经和董夫人，因为教子不严。各部大为震惊。又听说郑成功病了，就谋划保全郑经。他们认为郑经是儿子，不可以反抗父亲，各位部将是臣子，不可以反抗君主；只有郑泰和郑成功是兄弟辈，认为兄长可以反抗弟弟，于是就杀了乳母和婴儿上报。郑成功不肯，解下佩剑给董昱命令他再到厦门去。正好周全斌从南澳回来，也接受了命令。各位将领把他诱捕了。夏天五月初八，郑成功病重，还登台望海。于是穿戴好衣冠，请出太祖训，坐在交椅上，命令左右进酒，翻阅了两卷，叹息说：“我有什么脸面到地下去见先帝啊！”于是在正寝去世，年三十九岁。台湾人推举他的弟弟郑袭为护理。十四日，讣告传到，郑经继位，发丧，写表章送达皇帝行在。听说郑袭要当东都的主人，郑经很惊愕。于是任命周全斌为五军都督，陈永华为咨议参军，冯锡范为侍卫，整顿军队准备东归。秋七月，清朝靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰派人来讲和，郑经不答应。郑泰等人请求郑经。郑经说：“我将东归，你们好好考虑。”商议照朝鲜事例，派中军都督杨来嘉去回复。没有回音。杨来嘉回来。派忠振伯洪旭、永安侯黄廷辅助郑泰守厦门，并告知铜山、南澳各位将领，不要荒废战守。冬十月，郑经到澎湖，巡视各岛，然后赴台。黄昭、萧拱宸谋划抗拒郑经，在海岸边列阵，被周全斌所杀。众人倒戈，郑经摘下头盔给他们看。黄安大喊说：“这是我们君主的儿子，赶快去迎接！”郑经于是进入王城。郑袭入见，又恢复叔侄关系如初。十一月，率领周全斌巡视南北二路，镇抚各番族。
十七年春正月，滇城讣至，经犹奉朔称永历。以统领颜望忠守安平，勇卫黄安镇承天，提调南北军务。率全斌、永华、锡范至厦门。以泰潜结黄昭、萧拱宸等谋抗拒，事露，夏六月，置酒邀泰，缢杀之。泰子缵绪、弟鸣骏亡归清。冬十月，继茂、率泰调投诚诸军台荷兰出泉州，提督冯得功出同安，降将施琅、黄梧出漳州，分道并进。经部署诸将，令全斌御之。十九日，会于金门鸟沙港。荷兰夹板十余舟，巍巨如山，泉舟三百，箕张而下。全斌以艨艟二十艘，往来奋击，剽疾如马；荷人发炮无一中者。清军见之，■〈目咢〉眙相视，云翔而不敢下。得功殿，为全斌所殪。已而耿、李各济师，琅、梧亦至。郑师不敌，退守铜山。清军入金、厦，堕两城，弃其地，收宝货妇女而还。两岛之民烂焉。
十七年春正月，滇城的讣告传到，郑经仍然奉行永历正朔。派统领颜望忠守安平，勇卫黄安镇守承天，提调南北军务。率领周全斌、陈永华、冯锡范到厦门。因为郑泰暗中勾结黄昭、萧拱宸等人谋划抗拒，事情败露，夏天六月，设酒宴邀请郑泰，把他勒死了。郑泰的儿子郑缵绪、弟弟郑鸣骏逃回清朝。冬十月，耿继茂、李率泰调投降清朝的各路军队会合荷兰人从泉州出发，提督冯得功从同安出发，降将施琅、黄梧从漳州出发，分路并进。郑经部署各位将领，命令周全斌抵御他们。十九日，在金门鸟沙港会战。荷兰夹板船十多艘，巍峨巨大如山，泉州船三百艘，如簸箕张开般驶来。周全斌用艨艟二十艘，往来奋力攻击，轻快如马；荷兰人开炮没有一发命中。清军见了，瞪眼相视，盘旋不敢下来。冯得功殿后，被周全斌杀死。不久耿继茂、李率泰各自增兵，施琅、黄梧也到了。郑军打不过，退守铜山。清军进入金门、厦门，毁了两座城，放弃其地，收取宝货妇女而回。两岛的百姓遭了殃。
十八年春正月，援剿右镇林顺降清。二月，南澳护卫左镇杜辉亦降清。洪旭言曰：『金、厦新破，铜山难守，不如退保东都，以待后图』。经从之。命永华、锡范扈董夫人先行。宗室宁靖王、泸溪王、巴东王、鲁王世子暨乡绅王忠孝、辜朝荐、卢若腾、沈佺期、郭贞一、李茂春悉扁舟从。至澎湖，与旭历视诸岛。旭曰：『澎湖为台湾门户，上通江浙，下达南洋，必须建设重镇，以固海疆。若澎湖有失，则台湾无所措手足』。乃建垒妈宫，左右峙各筑炮台，烟火相望，令薛进思、戴捷、林升等守之。初，全斌奉檄与黄廷殿，而与洪旭有宿嫌，迟疑不往，遂降清。廷亦受黄梧之诱。经既入台，委政永华。永华善治国，与民休息。八月，改东都为东宁，天兴、万年为二州。划府治为四坊，坊置签首理民事；制鄙为三十四里，置乡长，行乡治之制。东宁初建，制度简陋，乃教民烧瓦，建宫室衙署。礼待避乱搢绅。凡诸宗室，皆赡给之。分诸土地，又行寓兵于农之法，台湾以安。初，荷人既丧台湾，谋恢复，居于鸡笼。成功命黄安逐之。既去，遂会清人攻两岛。及金、厦平，徙民入界，而率泰亦班师。六月，荷将波尔德入福州，与清军盟，议伐台，率泰以两蓬船援之。然台湾防守固，不易取，乃率舟北上，次普陀山，遇飓覆没。及是而罢。九月，英人来求互市，许之。十二月，北路土番阿狗让乱，命勇卫黄安平之。
十八年春正月，援剿右镇林顺降清。二月，南澳护卫左镇杜辉也降清。洪旭说：“金门、厦门刚被攻破，铜山难以防守，不如退守东都，以等待以后图谋。”郑经听从了。命令陈永华、冯锡范护送董夫人先行。宗室宁靖王、泸溪王、巴东王、鲁王世子以及乡绅王忠孝、辜朝荐、卢若腾、沈佺期、郭贞一、李茂春都乘小船跟随。到了澎湖，和洪旭巡视各岛。洪旭说：“澎湖是台湾的门户，上通江浙，下通南洋，必须建设重镇，以巩固海疆。如果澎湖失守，那么台湾就手足无措了。”于是在妈宫建堡垒，左右两侧各筑炮台，烟火相望，命令薛进思、戴捷、林升等人守卫。当初，周全斌奉命和黄廷殿后，但因为和洪旭有旧怨，迟疑不去，于是就降清了。黄廷也受了黄梧的引诱。郑经进入台湾后，把政事委托给陈永华。陈永华善于治国，与民休息。八月，改东都为东宁，天兴、万年为二州。把府治划分为四坊，每坊设签首管理民事；把乡下划分为三十四里，设乡长，实行乡治制度。东宁初建，制度简陋，于是教百姓烧瓦，建宫室衙署。以礼接待避乱的士绅。所有宗室，都供养他们。分配土地，又实行寓兵于农的办法，台湾得以安定。当初，荷兰人失去台湾后，谋划恢复，住在鸡笼。郑成功命令黄安驱逐他们。荷兰人离开后，就联合清军攻打两岛。等到金门、厦门平定，迁移百姓入界，而李率泰也班师了。六月，荷兰将领波尔德进入福州，和清军结盟，商议攻打台湾，李率泰用两艘船援助他。但台湾防守坚固，不容易攻取，就率船北上，驻扎在普陀山，遇到飓风覆没。到这时就停止了。九月，英国人来请求互市，答应了。十二月，北路土著番人阿狗让作乱，命令勇卫黄安平定了他们。
十九年春正月朔，经率文武贺帝于安平镇。闻施琅疏请攻台，集诸将计议。洪旭曰：『前者，荷人失守，恃其炮火，冯其港道，而不防备澎湖，故我先王一鼓而下。夫澎湖为东宁门户，无澎湖是无东宁也。今宜建筑安平炮台，以炮船十艘防守鹿耳，别遣一将镇澎湖，严军固垒，以待其来，则敌不易渡也』。经曰：『善』。以杨祥守鹿耳门。颜望忠请自赴澎湖，经抚其背曰：『得公一行，吾无忧矣』。命旭调屯田军十分之三，益以勇卫侍卫各半旅，合万余人，分配炮船二十艘，乌船赶缯各十艘，以戴捷、薛进思、林升、林应等率之。又虑北鄙空虚，命刘国轩以一旅守鸡笼，何佑以一旅守大汕头。
十九年春正月初一，郑经率领文武官员在安平镇祝贺皇帝。听说施琅上疏请求攻打台湾，召集各位将领商议。洪旭说：“当初，荷兰人失守，仗着他们的炮火，凭借他们的港道，而不防备澎湖，所以我们先王一击而下。澎湖是东宁的门户，没有澎湖就没有东宁。现在应该建筑安平炮台，用十艘炮船防守鹿耳门，另外派一员将领镇守澎湖，严整军队加固营垒，以等待他们前来，那么敌人就不容易渡海了。”郑经说：“好。”派杨祥守鹿耳门。颜望忠请求亲自去澎湖，郑经拍着他的背说：“有你去一趟，我就没有忧虑了。”命令洪旭调屯田军的十分之三，加上勇卫和侍卫各半个旅，合计一万多人，分配炮船二十艘，乌船和赶缯船各十艘，派戴捷、薛进思、林升、林应等人率领。又担心北部空虚，命令刘国轩率一旅守鸡笼，何佑率一旅守大汕头。
三月，望忠至澎湖，驻军妈宫，左右峙各修炮台，以戴捷、林升守之。四月，琅调投诚诸军攻台。舟至外洋，为飓风飘散而还。清廷命琅及全斌归北京。六月，经令望忠回东宁，以薛进思、林升守之。檄各镇归屯。七月，勇卫黄安卒，经大恸，厚塟之，以其子为婿。八月，以咨议参军陈永华为勇卫。永华亲视南北，镇抚诸番，劝各镇垦田，植蔗熬糖，煮海为盐，以兴贸易。而岁又大熟，民用殷富。请建圣庙，立学校，从之。择地于宁南坊，面魁斗山，旁建明伦堂。
三月，颜望忠到澎湖，驻军妈宫，左右两侧各修炮台，派戴捷、林升守卫。四月，施琅调投降清朝的各路军队攻打台湾。船到外洋，被飓风吹散而回。清廷命令施琅和全斌回北京。六月，郑经命令颜望忠回东宁，派薛进思、林升守卫澎湖。传檄各镇回去屯田。七月，勇卫黄安去世，郑经非常悲痛，厚葬了他，把他儿子招为女婿。八月，任命咨议参军陈永华为勇卫。陈永华亲自巡视南北，镇抚各番族，劝各镇垦田，种甘蔗熬糖，煮海水为盐，以发展贸易。而年成又大丰收，百姓因此富足。陈永华请求建圣庙，立学校，郑经听从了。选择在宁南坊，面向魁斗山，旁边建明伦堂。
二十年春正月，圣庙成，经率文武行释菜之礼，环泮宫而观者数千人，雍雍穆穆，皆有礼让之风焉。又命各社设学校，延师以课子弟；两州三年一试。州试有名者移府，府试有名者移院，院试取进者入太学。三年再试，拔其尤者补六科内都事。三月，以永华为学院，叶亨为国子助教，教之、养之。台人自是始奋学。洪旭谏曰：『有文事者必有武备，今施琅虽出军未定，而心不忘我。当训励将士，以待其变』。经曰：『居安思危，古之训也；习劳讲武，军之则也。不谷受国厚恩，躬承先命，其敢以此自逸？愿与诸公勉之』。檄各镇屯垦之暇，以时操演。又命伐木造舰。旭以商船往贩日本，购造铜炮刀剑甲胄，并铸永历钱。下至暹罗、安南、吕宋各处，以拓商务。岁又大有，国以富强。八月，吕宋总督遣使者来聘，且贡方物。令宾客司礼之。使者求设教，永华不可。经命以中国之礼入觐，且申通商之约，毋遏贡，毋虐我华人。使者唯唯。忠振伯洪旭卒，经亲为治丧；以其子磊为吏官，永华之侄绳武为兵官，杨英为户官，叶亨为礼官，柯平为刑官，谢贤为工官，刘国轩为左武卫，薛进思为右武卫，何佑为左虎卫。九月，永华以国内已治，商务当兴。以江胜为水师一镇，驻厦门，与边将交驩，毋扰百姓。当是时，厦门荒废，为陈白骨水牛忠所据，招集亡命，侵掠边鄙。胜与邱辉破之。辉踞达濠，而胜事贸易，布帛无缺。凡货入界者以价购之，妇孺无欺。自是内外相安，转运毋遏，物价愈平。十二月，调戌澎之兵屯田。
二十年春正月，圣庙建成，郑经率领文武官员举行释菜礼，围绕泮宫观看的有几千人，庄重和睦，都有礼让的风气。又命令各社设立学校，聘请老师来教育子弟；两州三年考试一次。州试有名次的送到府里，府试有名次的送到院里，院试录取的进入太学。三年再考试，选拔其中的优秀者补任六科内都事。三月，任命陈永华为学院，叶亨为国子助教，教育培养人才。台湾人从此开始奋力学业。洪旭劝谏说：“有文事的人必然要有武备，现在施琅虽然出兵未定，但心里不忘我们。应当训练勉励将士，以等待他变。”郑经说：“居安思危，是古训；习劳讲武，是军规。我受国家厚恩，亲承先王遗命，怎么敢因此自图安逸？愿和各位共勉。”传檄各镇在屯垦之余，按时操练。又命令砍伐木材造舰船。洪旭用商船去日本贸易，购买制造铜炮、刀剑、甲胄，并铸造永历钱。远至暹罗、安南、吕宋各处，以拓展商务。年成又大丰收，国家因此富强。八月，吕宋总督派使者来聘问，并进贡方物。命令宾客司以礼相待。使者请求设教传教，陈永华不同意。郑经命令以中国之礼入见，并重申通商之约，不要阻拦进贡，不要虐待我华人。使者唯唯答应。忠振伯洪旭去世，郑经亲自为他治丧；任命他的儿子洪磊为吏官，陈永华的侄子陈绳武为兵官，杨英为户官，叶亨为礼官，柯平为刑官，谢贤为工官，刘国轩为左武卫，薛进思为右武卫，何佑为左虎卫。九月，陈永华因为国内已经治理好，商务应当兴旺。任命江胜为水师一镇，驻守厦门，与边界将领交好，不扰百姓。这个时候，厦门荒废，被陈白骨、水牛忠占据，招集亡命之徒，侵掠边境。江胜和邱辉打败了他们。邱辉占据达濠，而江胜从事贸易，布帛不缺。凡是货物进入界内的按价购买，对妇孺没有欺骗。从此内外相安，转运没有阻碍，物价更加平稳。十二月，调回戍守澎湖的士兵屯田。
二十一年春正月朔，经贺帝于安平镇。锡屯田之兵酒，台人大说，道不拾遗，市物者不饰价。五月，河南人孔元章来议抚，礼之，议照朝鲜事例。元章回，而施琅又疏请攻台。
二十一年春正月初一，郑经在安平镇祝贺皇帝。赐给屯田的士兵酒，台湾人非常高兴，路不拾遗，卖东西的人不虚报价格。五月，河南人孔元章来商议招抚，郑经以礼相待，商议照朝鲜事例。孔元章回去后，施琅又上疏请求攻打台湾。
二十二年夏四月，清廷以琅为内大臣，裁水师提督，焚战舰。以马化骐为总兵，驻海澄。分投诚诸将于各省。六月，清水师提标游击锺瑞偕中军守备陈升谋献海澄，密告江胜。经命统领颜望忠率船援之。事泄，瑞走厦门入台，望忠数其叛献铜山之罪，经不究，改其姓为金赐名汉臣。十月，水沙连番乱，杀参军林圯，讨之。
二十二年夏四月，清廷任命施琅为内大臣，撤销水师提督，焚烧战舰。任命马化骐为总兵，驻守海澄。把投诚清朝的将领分到各省。六月，清水师提标游击锺瑞和中军守备陈升谋划献出海澄，秘密报告江胜。郑经命令统领颜望忠率船去援助。事情泄露，锺瑞逃到厦门进入台湾，颜望忠数说他叛变献铜山的罪过，郑经不追究，改他的姓为金，赐名金汉臣。十月，水沙连番人作乱，杀了参军林圯，郑经派兵讨伐。
二十三年春二月，清廷下旨展界。七月，刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣至福州，与靖南王耿继茂、总督祖泽沛集泉州议和。命兴化知府慕天颜赍诏书入台，经不肯接诏。唯阅明珠书曰：『尝闻安民之谓仁，识时之谓知。古来豪杰知天命之有归，信殃民之无益，决策不疑，委身天阙，庆衍黎庶，泽流子孙，名垂青史，常为美谈。阁下通时达变，为世豪杰，比肩前哲，若易易尔。而姓名不通于上国，封爵不出于天朝，浮沉海外，聊且一时，不令有识之士为惋惜耶？今圣天子一旦恻然，念海滨之民疮痍未复，其有去乡离井漂流海屿，近者十余年，远者二十余载，骨肉多残，生死茫然。以为均在覆载之中，孰非光复之责？税车闽甸，会同靖藩、督、抚、提督，宣谕宸衷。礼当先之以信，端遣太常寺卿慕天颜、都督佥事李佺等闻于左右。阁下桑梓之地，无论圣天子痌瘝在抱，所当仰体不遑，即闽之黄童白叟，大都阁下桑梓之父老子弟，而忍令其长相离散耶？况我国家与人以诚，待人以信，德意咸孚，遐迩毕达。是以车书一统之盛，振古无俦。穷荒绝域，尚不惮重译来朝。阁下人中之杰，反自外于皇仁，此岂有损朝廷哉？但为阁下惜之尔。诚能翻然归命，使海隅变为乐土，流离复其故乡，阁下亦自海外而归中原，不亦千古之大快，而事机不可再得者乎？我皇上推心置腹，具有玺书。阁下宣读之余，自当仰见圣主至仁至爱之心。伫候德音，临颖神注』。经大会文武，语天颜曰：『本藩岂不能战？因念生灵涂炭，故远处海外。癸卯以来，业已息兵，又何必深求耶』？天颜曰：『朝廷频频招抚，亦怜贵藩忠诚，不忘旧君。若能翻然削发归命，自当藩封，永为柱石。不然，岂少楼船甲兵哉』？经曰：『先王在日，前后招抚，祇差「薙发」两字。本藩岂肯坠先王之志哉』？遣礼官叶亨、刑官柯平报聘，并复书曰：『盖闻麟凤之姿，非藩樊所能囿；英雄之志，岂游说所能移。顷自迁界以来，五省流离，万里坵墟。是以不谷远处海外，建国东宁，庶几寝兵息民，相安无事。贵国尚未志情于我，以致沿海之人，流亡失所，心窃憾之。阁下衔命以来，欲为生灵造福，流亡复业，海宇奠安，为德建善；而贵使谆谆以迎敕为辞。事必前定而后可以寡悔，言必先定而后可以践迹。大丈夫相信于心，披肝见胆，磊磊落落，何必游移其说哉？特遣刑官柯平、礼官叶亨等面商妥当。不谷躬承先训，恪守丕基，必不弃先人之业，以图一时之利。唯是生民涂炭，惄焉在怀。倘贵朝果以爱人为心，不谷不难降心以从，尊事大之礼。至通好之后，巡逻兵哨，自当吊回。若夫沿海地方，俱属执事抚绥，非不谷所与焉。不尽之言，俱存敝使口中，唯阁下教之，俾实稽以闻』。议照朝鲜事例，明珠将许；而强令薙发，经不从。于是明珠再以书来，复命天颜偕二使入台。天颜曰：『贵藩遁迹荒居，非可与外国之宾臣者比』。经曰：『朝鲜亦箕子之后，士各有志，未可相强』。乃以书复之曰：『盖闻佳兵不祥之器，其事好还，是以祸福无常倚，强弱无常势，恃德者兴，恃力者亡。曩者思明之役，不谷深悯民生疾苦，暴露兵革，连年不休，故遂会师而退，远绝大海，建国东宁。于版图疆域之外，别立乾坤。自以为休兵息民，可相安于无事矣。不谓阁下犹有意督过之，驱我叛将，再起兵端。岂未闻陈轸蛇足之喻与养由基善射之说乎？夫苻坚寇晋，力非不强也；随炀征辽，志非不勇也；此二事者阁下之所明知也。况我之叛将逃卒，为先王抚养者二十余年，今其归贵朝者，非必尽忘旧恩而慕新荣也，不过惮波涛、恋故土，为偷安计尔。阁下所以驱之东侵而不顾者，亦非必以其才能为足恃、心迹为可信也，不过以若辈叵测，姑使前死，胜负无深论尔。今足下待之之意，若辈亦习知之矣，而况大洋之中，昼夜无期，风云变态，波涛不测。阁下两载以来，三举征帆，其劳费得失，既已自知，蚩非天意之昭昭者哉？所引夷齐、田横等事：夷齐千古高义，未易齿冷；即如田横，不过三齐一匹夫尔，犹知守义不屈。而况不谷世受国恩，躬承先训乎？倘以东宁不受羁縻，则海外列国，如日本、琉球、吕宋、越南，近接浙、奥，岂尽服属？若虞敝哨出没，实缘贵旅临江，不得不遣舟侦逻。至于休兵息民，以免生灵涂炭，仁人之言，敢不佩服。若夫重爵厚禄，永袭藩封，海外孤臣，无心及此。敬披腹言，维祈垂鉴』。又复继茂曰：『捧读华翰，有「诚来诚往、延揽英雄」之语，虽不能从，然心异之。执事中国英豪，天人合征，金戈铁马之雄，固自有在；而谆谆所言，尚袭游说之后谈，岂犹是不相知者之论乎？东宁偏隅，远在海外，与版图渺不相涉。虽居落部曲，日与为邻，正如张仲坚远绝扶余，以中土让太原公子。执事亦知其意乎？所云「贵朝宽仁无比」，远者不论，以耳目所闻见言之，如方国安、孙可望，岂非尽忠贵朝者，今皆何在？往事可鉴，足为寒心。执事倘能以延揽英雄休兵为念，即静饬部曲，慰安边陲。羊陆故事，敢不勉承？若夫疆场之事，一彼一此，胜负之数，自有天在。得失难易，执事自知，亦毋庸赘也』。明珠知不可说，遂偕毓英归北，而和议止。十月，邱辉介江胜以达濠归命。经下六官议。永华曰：『招降纳叛，自古已然。况辉能纠众备船，独踞达濠，此亦有为者。今倾心向化，理宜收录，庶足以鼓豪杰之心，而拓邦家之土』。从之，以为义武镇。自是达濠亦听节制。
二十三年春二月，清廷下旨展拓边界。七月，刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣到福州，和靖南王耿继茂、总督祖泽沛在泉州会集商议和谈。命令兴化知府慕天颜携带诏书进入台湾，郑经不肯接诏。只看了明珠的信，信中说：“曾听说安民叫做仁，识时务叫做智。古来豪杰知道天命有归属，相信祸害百姓没有好处，决策不疑，投身朝廷，造福百姓，恩泽流及子孙，名垂青史，常为美谈。阁下通时达变，是当世豪杰，与前辈比肩，似乎很容易。而姓名不通于上国，封爵不出于天朝，浮沉海外，暂时一时，不让有识之士感到惋惜吗？今圣天子一旦恻隐，念及海滨之民创伤未愈，那些离乡背井漂流海岛的，近的十多年，远的二十多年，骨肉多被残害，生死茫然。认为都在天地之间，谁没有光复的责任？停车闽地，会同靖藩、督、抚、提督，宣示皇上心意。礼当先以诚信，特派太常寺卿慕天颜、都督佥事李佺等来告知左右。阁下家乡之地，无论圣天子关怀在抱，应当仰体不暇，就是闽地黄童白叟，大多是阁下乡里的父老子弟，怎能忍心让他们长久离散呢？何况我国家待人以诚，待人以信，德意都孚，远近通达。所以车书一统之盛，自古无比。穷荒绝域，尚且不惮辗转翻译来朝。阁下人中豪杰，反而自外于皇仁，这难道有损于朝廷吗？只是为阁下惋惜罢了。如果能够幡然归命，使海隅变为乐土，流离之人回到故乡，阁下也从海外回归中原，岂不是千古之大快，而事机不可再得吗？我皇上推心置腹，有玺书为证。阁下宣读之后，自然应当仰见圣主至仁至爱之心。恭候德音，临笔神注。”郑经大会文武官员，对慕天颜说：“我难道不能战？因念及生灵涂炭，所以远居海外。癸卯年以来，已经息兵，又何必深求呢？”慕天颜说：“朝廷频频招抚，也是怜惜贵藩忠诚，不忘旧君。如果能够幡然削发归命，自然当受藩封，永为柱石。不然，难道缺少楼船甲兵吗？”郑经说：“先王在世时，前后招抚，只差‘剃发’二字。我岂肯违背先王之志？”派礼官叶亨、刑官柯平回访，并复信说：“曾听说麟凤之姿，不是藩篱所能困住的；英雄之志，岂是游说所能改变的。自从迁界以来，五省流离，万里废墟。所以我远居海外，建国东宁，希望停战息民，相安无事。贵国还没有忘情于我，以致沿海之人，流亡失所，我心里很遗憾。阁下奉命以来，想为生灵造福，使流亡复业，海宇安定，积德行善；而贵使谆谆以迎敕为辞。事必须预先定好才能少后悔，言必须预先定好才能践诺。大丈夫相信于心，披肝见胆，磊磊落落，何必游移其说呢？特派刑官柯平、礼官叶亨等当面商议妥当。我亲承先训，恪守大业，必不放弃先人之业，以图一时之利。只是生民涂炭，忧心在怀。倘若贵朝果然以爱人为心，我不难降心顺从，尊奉事大之礼。至于通好之后，巡逻兵哨，自当调回。至于沿海地方，都属于执事安抚，不是我所干预的。不尽之言，都在敝使口中，唯阁下教导，使之核实上报。”商议照朝鲜事例，明珠将要答应；但强令剃发，郑经不答应。于是明珠再次来信，又命慕天颜和两个使者进入台湾。慕天颜说：“贵藩遁迹荒居，不可和外国宾臣相比。”郑经说：“朝鲜也是箕子之后，士各有志，不可相强。”于是复信说：“曾听说佳兵是不祥之器，其事好还，所以祸福无常倚，强弱无常势，恃德者兴，恃力者亡。往日思明之役，我深悯民生疾苦，兵革暴露，连年不休，所以会师而退，远隔大海，建国东宁。在版图疆域之外，别立乾坤。自以为休兵息民，可以相安无事了。不料阁下还有意责备，驱我叛将，再起兵端。难道没听说过陈轸画蛇添足的比喻和养由基善射的故事吗？苻坚寇晋，力量不是不强；隋炀征辽，志向不是不勇；这两件事阁下是明知的。何况我的叛将逃卒，被先王抚养了二十多年，现在归附贵朝的，未必都是忘了旧恩而羡慕新荣，不过是怕波涛、恋故土，为偷安打算罢了。阁下驱使他们东侵而不顾，也未必是因为他们的才能足可依靠、心迹足可信赖，不过是因为这些人叵测，姑且让他们去送死，胜负不必深论罢了。现在足下对待他们的意思，这些人也都知道了，何况大洋之中，昼夜无定，风云变幻，波涛莫测。阁下两年以来，三次举帆出征，其中的劳费得失，既已自知，难道不是天意昭昭吗？所引夷齐、田横等事：夷齐千古高义，未易齿冷；就如田横，不过是三齐一个匹夫，还知道守义不屈。何况我世受国恩，亲承先训呢？倘若因为东宁不受羁縻，那么海外各国，如日本、琉球、吕宋、越南，靠近浙江、福建，难道都服属吗？若担心我哨兵出没，实在是因为贵军临江，不得不派船侦探巡逻。至于休兵息民，以免生灵涂炭，仁人之言，敢不佩服。至于重爵厚禄，永袭藩封，海外孤臣，无心于此。敬披腹言，唯祈垂鉴。”又复信耿继茂说：“捧读华翰，有‘诚来诚往、延揽英雄’之语，虽不能听从，但心里感到惊异。执事是中国英豪，天人合征，金戈铁马之雄，固自有在；而谆谆所言，尚袭游说之后谈，岂还是不相知者之论？东宁偏隅，远在海外，与版图渺不相涉。虽居落部曲，日与为邻，正如张仲坚远绝扶余，把中土让给太原公子。执事也知道其意吗？所说的‘贵朝宽仁无比’，远的不论，以耳闻目睹来说，如方国安、孙可望，难道不是对贵朝尽忠的人，现在都在哪里？往事可鉴，足为寒心。执事如果能够以延揽英雄休兵为念，就安静整顿部曲，安抚边陲。羊祜陆抗故事，敢不勉力承当？至于疆场之事，一彼一此，胜负之数，自有天在。得失难易，执事自知，也不用赘述了。”明珠知道不可说服，就和蔡毓英回北方去了，和议停止。十月，邱辉通过江胜把达濠归顺。郑经交给六官商议。陈永华说：“招降纳叛，自古就是这样。何况邱辉能纠集部众备办船只，独据达濠，这也是有作为的人。现在倾心归化，理应收录，这样足以鼓舞豪杰之心，而拓展邦家之土。”郑经听从了，任命邱辉为义武镇。从此达濠也受节制。
二十四年春三月，经以厦门、铜山、达濠诸岛均隶台湾，而舟山、南日尚乏守将，以前奇兵镇黄应制之，命柳索、吕胜、蓝盛、杨正各率舟协守。八月，斗尾龙岸番反，经自将讨之。命右武卫刘国轩驻半线。十月，沙辘番乱，平之。大肚番恐，迁其族于埔里社。国轩追之，至北港溪畔，乃班师归。自是北番皆服。
二十四年春三月，郑经把厦门、铜山、达濠等岛都隶属于台湾，而舟山、南日还缺乏守将，派前奇兵镇黄应去管辖，命令柳索、吕胜、蓝盛、杨正各率船协同守卫。八月，斗尾龙岸番反叛，郑经亲自率军讨伐。命令右武卫刘国轩驻守半线。十月，沙辘番作乱，平定了他们。大肚番害怕，把部族迁到埔里社。刘国轩追击他们，到了北港溪畔，才班师回来。从此北部番人都顺服了。
二十五年，岁大有，沿海无事。漳、泉之人至者日多，拓地远及两鄙。经命诸岛守将，毋扰边民。
二十五年，年成大丰收，沿海无事。漳州、泉州来的人日益增多，拓地远及两边边境。郑经命令各岛守将，不要骚扰边民。
二十六年春正月，统领颜望忠、杨祥请伐吕宋，侍卫冯锡范以为不可，虑失远人之心，遂止。
二十六年春正月，统领颜望忠、杨祥请求攻打吕宋，侍卫冯锡范认为不可，担心失去远方人心，于是就停止了。
二十七年。初，清廷以吴三桂为平西王驻云南，平南王尚可喜驻广东，靖南王耿继茂驻福建。及继茂死，精忠嗣。至是议撤藩，精忠谋起兵。秋八月，使黄镛入告。经至澎湖以俟。而精忠迁移，寻归东宁。十二月，三桂据云南、贵州、四川以起；破两湖，遣祝治国、刘定先如耿、尚，约会师。并至东宁，寓书曰：『令祖举全闽投诚，大有勋劳，横遭俎醢，百世必报之仇也。及令先王存心大义，至死靡他，诚大丈夫特立独行，每言及此，未常不叹为伟人也。殿下少承家训，练兵养威，审时观衅。今天下大举，正千载一遇，乞速整貔貅，大扬舟师，经取金陵，或抵天津，扼其门户，绝其粮道。此以奇兵乘虚，万全之策也。复累世之大仇，泄天人之共愤，何快如之』！经礼待二使，遣监纪推官陈克岐、副将刘文焕驰聘，且复书曰：『顷闻台命，欲伸大义于天下，不胜欣慰。然敢献一言。自古成天下之大业，必先建天下之大义。以殿下之贞忠，而拥立先帝之苗裔，则足以号召人心，而感奋忠义之士。不谷亦欲依日月之末光，早策匡复之业也。枕戈待旦，以俟会师』。
二十七年。当初，清廷任命吴三桂为平西王驻守云南，平南王尚可喜驻守广东，靖南王耿继茂驻守福建。等到耿继茂死后，耿精忠继承王位。到这时朝廷商议撤藩，耿精忠谋划起兵。秋八月，派黄镛来报告。郑经到澎湖等候。而耿精忠又犹豫不决，郑经不久就回东宁了。十二月，吴三桂占据云南、贵州、四川起兵；攻破两湖，派祝治国、刘定先到耿精忠、尚可喜处，约定会师。并到东宁，寄信说：“令祖举全闽投诚，大有勋劳，却横遭杀害，这是百世必报之仇。而令先王存心大义，至死不变，真是大丈夫特立独行，每次说到此事，未尝不赞叹为伟人。殿下从小受家训，练兵养威，审时观衅。如今天下大举，正是千载难逢的机会，请赶快整顿军队，大举水师，直取金陵，或抵达天津，扼住其门户，断绝其粮道。这是以奇兵乘虚而入的万全之策。报累世之大仇，泄天人之共愤，还有什么比这更痛快的呢！”郑经以礼对待两位使者，派监纪推官陈克岐、副将刘文焕前往答聘，并复信说：“刚才听到您的命令，要在天下伸张大义，不胜欣慰。但请允许我献一言。自古成就天下之大业，必须先建立天下之大义。以殿下的贞忠，拥立先帝的后裔，就足以号召人心，感奋忠义之士。我也愿依附日月之余光，早日策划匡复之业。枕戈待旦，等待会师。”
二十八年春三月，精忠据福建，执总督范承谟，驰数骑传檄，七闽皆下。使黄镛再入台，请济师。授海澄公黄梧为平和公。梧已病卒，子芳度权知军事，授海澄总兵。四月，潮州总兵刘进忠以城降精忠，授宁粤将军。经使柯平入福州，报黄镛之聘也。精忠调赵得胜之兵，得胜不从，邀右武卫刘国轩、左虎卫伺佑于海澄，议奉经。五月，经以子克■〈臧上土下〉为监国，陈永华辅之，率侍卫冯锡范、兵官陈绳武、吏官洪磊等，奉永历二十八年正朔，渡海而西，驻思明。授得胜兴明伯，训练士卒。以兵都事李德至日本，铸钱及军器；户都事杨贤贩运南洋，以充军实。遣人说精忠，借漳、泉为召募。精忠不从。于是郑、耿交恶。既令锡范取同安，守将张举尧降，授荡西伯、左先锋。精忠惧，以都尉王进守泉州。六月，进幼子藩锡诱杀泉州城守赖玉，兵民多从之，遂逐进，纳款。经入泉州，授藩锡指挥使，以军事委锡范、绳武。七月，清军围潮州，精忠不能救，进忠纳款，遣援剿左镇金汉臣率兵援之，败清军于黄冈，潮围解，进忠降，授定西伯、前提督。九月，精忠以刘炎为犄角，命王进取泉州。十月，国轩及右虎卫许耀败进于涂岭，追至兴化而还。三桂使礼曹周文骥如经，平郑、耿也。十一月，伐漳浦，刘炎降。得胜回澄。
二十八年春三月，耿精忠占据福建，逮捕总督范承谟，派数骑传檄，七闽全部降服。派黄镛再次进入台湾，请求增兵。授海澄公黄梧为平和公。黄梧已病故，儿子黄芳度暂管军事，授海澄总兵。四月，潮州总兵刘进忠献城投降耿精忠，授宁粤将军。郑经派柯平进入福州，回报黄镛的聘问。耿精忠调赵得胜的军队，赵得胜不服从，在海澄邀请右武卫刘国轩、左虎卫何佑，商议奉戴郑经。五月，郑经以儿子郑克臧为监国，陈永华辅佐他，率领侍卫冯锡范、兵官陈绳武、吏官洪磊等，奉永历二十八年正朔，渡海西去，驻扎思明。授赵得胜为兴明伯，训练士兵。派兵都事李德到日本，铸造钱币和军器；户都事杨贤贩运南洋，以充军实。派人劝说耿精忠，借漳州、泉州作为募兵之地。耿精忠不答应。于是郑、耿交恶。随即命令冯锡范攻取同安，守将张举尧投降，授荡西伯、左先锋。耿精忠害怕了，派都尉王进守泉州。六月，王进的幼子王藩锡诱杀泉州城守赖玉，兵民大多跟从他，于是驱逐王进，向郑经投降。郑经进入泉州，授王藩锡为指挥使，把军事委托给冯锡范、陈绳武。七月，清军围攻潮州，耿精忠不能救，刘进忠投降郑经，郑经派援剿左镇金汉臣率兵救援，在黄冈打败清军，潮州之围解除，刘进忠投降，授定西伯、前提督。九月，耿精忠以刘炎为犄角，命令王进攻打泉州。十月，刘国轩和右虎卫许耀在涂岭打败王进，追到兴化而回。吴三桂派礼曹周文骥到郑经处，为郑、耿调解。十一月，攻打漳浦，刘炎投降。赵得胜回海澄。
二十九年春正月朔，经率文武官民贺帝于泉州承天寺。精忠遣张文韬议和，以枫亭为界，始通好也。二月，何佑伐饶平，获沈瑞以归，授怀安侯。以叛将洪承畴之祠改祀石斋、蔡江门，窜承畴及杨明琅眷属百余口于鸡笼城。明琅、癸未翰林也；数其罪，嗣死于窜所。五月，国轩入潮，与何佑、刘进忠兵数千人，徇属邑之未下者。平南王尚可喜兵十余万，尽锐来攻。相持久，郑军食尽，议退于潮。可喜麾骑，晨掩佑军，战于鲎母山下。佑力击之，国轩继进，大败尚军。六月，经率诸将围漳州。方经之至也，授黄芳度德化公，芳度阳为受命，阴通于清。事泄，郑军环城。兄芳泰突围入粤乞援。城围凡六月。芳世自粤提师，且至。十月初六旦，城将吴淑及弟潜开门延经。芳度登北门之山，趣诸军巷战。不利，投开元寺东井以死。经入漳州，授淑平西将军、后提督，潜戎旗二镇。收芳度戚族，窜于淡水，而膊其尸。刜黄梧之椑，报宿忿也。君子谓郑经于是乎肖子。
二十九年春正月初一，郑经率领文武官员和百姓在泉州承天寺祝贺皇帝。耿精忠派张文韬来议和，以枫亭为界，才开始通好。二月，何佑攻打饶平，俘获沈瑞回来，授怀安侯。把叛将洪承畴的祠堂改为祭祀石斋、蔡江门，把洪承畴和杨明琅的家属一百多口流放到鸡笼城。杨明琅是癸未年翰林；郑经数说他的罪过，后来死在流放地。五月，刘国轩进入潮州，与何佑、刘进忠的军队数千人，攻取尚未归顺的属县。平南王尚可喜的军队十余万，尽出精锐来进攻。相持很久，郑军粮食吃尽，商议退到潮州。尚可喜指挥骑兵，早晨突袭何佑的军队，在鲎母山下交战。何佑奋力反击，刘国轩接着进攻，大败尚军。六月，郑经率领各将包围漳州。当郑经到来时，授黄芳度为德化公，黄芳度假装接受命令，暗中和清军勾结。事情泄露，郑军包围城池。黄芳度的哥哥黄芳泰突围到广东求援。城围共六个月。黄芳世从广东提兵，将要到来。十月初六早晨，城将吴淑和弟弟吴潜开门迎接郑经。黄芳度登上北门之山，催促各军巷战。不利，投开元寺东井而死。郑经进入漳州，授吴淑为平西将军、后提督，吴潜为戎旗二镇。逮捕黄芳度的亲属，流放到淡水，并陈尸示众。劈开黄梧的棺材，以报旧怨。有德行的人认为郑经这样做像个孝子。
三十年春正月朔，经率文武官民贺帝于漳州开元寺。二月，三桂兵至肇庆、韶州。碣石总兵苗之秀、东莞守将张国勋谒国轩降。尚之信降于三桂。三桂檄让惠州于经，国轩入守之。五月，耿将刘应麟驻汀州，徇下江西瑞金、石城二县，密款于经，授奉明伯、前提督，吴淑入守之。七月，经调王进忠于潮，不至。九月，清师入闽，擒精忠，其守将马成龙以兴化款于经，授殄西伯、援剿左镇，许耀入守之。十月，耀与清军战于乌龙江，狃于涂岭之役，不设备，故败，经调赵得胜、何佑代之。十一月，耿将杨德以邵武来款，授后劲镇，吴淑入守之。十二月，淑与清军对垒于邵武城下，霜严指直，士皴瘃不能军，淑败还厦门，应麟奔死潮州。
三十年春正月初一，郑经率领文武官员和百姓在漳州开元寺祝贺皇帝。二月，吴三桂的军队到肇庆、韶州。碣石总兵苗之秀、东莞守将张国勋见刘国轩投降。尚之信投降吴三桂。吴三桂传檄把惠州让给郑经，刘国轩进入守卫。五月，耿精忠的部将刘应麟驻守汀州，攻下江西瑞金、石城二县，暗中向郑经投降，授奉明伯、前提督，吴淑进入守卫。七月，郑经调王进忠到潮州，不来。九月，清军进入福建，擒获耿精忠，耿精忠的守将马成龙以兴化向郑经投降，授殄西伯、援剿左镇，许耀进入守卫。十月，许耀与清军在乌龙江交战，因胜了涂岭之战而轻敌，不设防备，所以战败，郑经调赵得胜、何佑代替他。十一月，耿精忠的部将杨德以邵武来投降，授后劲镇，吴淑进入守卫。十二月，吴淑与清军在邵武城下对阵，霜寒刺骨，士兵冻裂生疮不能作战，吴淑败回厦门，刘应麟逃奔到潮州而死。
三十一年春正月，赵得胜、何佑拒清军于兴化城下。清军纵反间，得胜力战死、佑亦败，兴化遂陷。二月，泉、漳俱溃，经归思明，大赏逃亡诸将，分汛水陆。以左虎卫林升守东石留南，水师一镇萧武守兴化，水师四镇陈升、五镇蔡冲琱、七镇石玉、八镇陈胜分守蚶江、祥芝、崇武、獭窟，以固晋南惠沿海；水师二镇江元勋、三镇林瑞骥协守海澄、芝阴，凡福清、长乐滨海之地归之；总制亲随协王一鸣守横屿，楼船中镇萧琛守定海，危宿镇陈起万守福宁，总制后协林日慧、前协吴兆纲分守福安、宁德，援剿后镇陈起明守同安港口；后提督吴淑驻大石湖，兼辖同安；扬威前镇陈昌守谢村，左镇陈福守澄海，戎旗一镇林应守井尾、连江、漳浦，左冲镇马兴隆守铜山，昭义镇杨德守五都，奇兵镇黄应守诏安，英兵镇李隆守南澳，房宿镇杨兴守浅山。以楼船左镇朱天贵、右镇刘天福合率舟师，以守宁波、温州、台州、舟山等。宣毅左镇邱辉仍驻达濠，以遏潮惠来之路为策应。清康亲王以漳、泉既平，而郑师尚驻两岛，遣佥事朱麟臧来讲，且寓书曰：『尝闻「顺天者存，逆天者亡」。又曰：「识时务者在乎俊杰」。我国家定鼎，风声所被，四海宾服；此固气数之所在，而亿兆所归心也。顷因吴、耿煽乱，贵将军乘间窃据。独不思海隅尺土，岂能与天下抗衡？而执迷绝岛，自非识时之君子。倘转祸为福，归顺本朝，共享茅士之封，永奠河山之固，传之子孙，岂不食报无疆哉』？经礼之，议照朝鲜之例。并复书曰：『夫万古纲常之伦，而春秋严华夷之辨，此固忠臣义士所朝夕凛遵而不敢顷刻忘也。我家世受国恩，每思克复旧业，以报高深，故枕戈待旦，以至今日。幸遇诸藩举义，诚欲向中原而共逐鹿。倘天意厌乱，人心思汉，则此一旅，亦可挽回。何必裂冠毁冕，然后为识时之俊杰也哉』？不从。四月，移诸降将入台。刘炎奔清，磔于燕市。六月，刘进忠降于三桂，寻归清，被杀。国轩亦弃惠州而归。凡十府一时俱失。经不知所为，军事尽委国轩。国轩实有将才。七月，康亲王复命兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举各加卿衔，以泉绅黄志美、吴公鸿佐之、再申前议，请撤回各岛。经集诸将议，冯锡范请索四府为互市。二使归，宁海将军喇哈达又以书来，略曰：『年来使车往还，议抚议贡，几于舌敝唇焦矣。而至今迄无定论者，良由贵君臣挟一尽节为明之见，以为汲汲议抚，我朝廷自图便利尔。夫议抚者，为全尔君臣之名节也，为培我国家万年之根本也。愿执事大破拘攀，俾得竭殚愚衷，一听贵君臣之自择可乎？昔箕子殷之忠臣也，殷祚既灭，就封朝鲜，以存殷祀。田横齐之义士也，耻臣于汉，与客俱刎洛阳。夫田横虽义，非箕子比也。愿贵君臣同于箕子，毋蹈田横之故辙，则何不罢兵休士，全车甲而归台湾，自处于海外宾臣之列？其受封爵惟愿，不受封爵亦惟愿，我朝廷亦何惜以穷海远适之区，为尔君臣完全名节之地？执事如果有意，肯降必相从。余虽武人，忝为勋戚，自当特请朝命，饬各有司以岁时守护贵君臣之先茔，恤其族姓宗支，不许兵民侵暴。行三代之旷典，成千秋之美谈，当亦我皇上所不靳也。执事如感朝廷之恩，则以岁时通贡如朝鲜故事，通商贸易，永无猜嫌，岂不美哉？夫保国存祀、至忠也，护祖完宗、至孝也，全身远害、至智也，息兵恤民、至仁也，行一事而四善备，尔君臣亦何苦而不为此？如徒悍然不顾，希旦夕之安，忘先机之哲，一遇议抚，则大言夸词，要地请饷，此盖小人挟执事之谋，甚不足信。失事势穷蹙之时，人心一散，祸变难防，舟中之人，皆敌国也。执事虽欲全师而归，恐不可得。且事势穷蹙之时然后归，亦何面目以见父老乎？执事宜内断于心，与一二亲信有识者计议。道旁筑舍，三年不成，大惧身名之俱丧。以为执事辱也。如终不可复合，请断嗣音，虚意周旋，无复望焉。唯执事裁之』。经得书，大会文武。冯锡范曰：『先王在日，仅有两岛，尚欲大举征伐，以复中原。况今又有台湾，进战退守，权操自我。岂以一败而易夙志哉』？
三十一年春正月，赵得胜、何佑在兴化城下抵御清军。清军行反间计，赵得胜力战而死，何佑也战败，兴化于是陷落。二月，泉州、漳州都溃败，郑经回到思明，大赏逃回的各位将领，分派水陆防区。派左虎卫林升守东石留南，水师一镇萧武守兴化，水师四镇陈升、五镇蔡冲琱、七镇石玉、八镇陈胜分守蚶江、祥芝、崇武、獭窟，以巩固晋江、南安、惠安沿海；水师二镇江元勋、三镇林瑞骥协同守卫海澄、芝阴，凡是福清、长乐滨海之地都归他们守卫；总制亲随协王一鸣守横屿，楼船中镇萧琛守定海，危宿镇陈起万守福宁，总制后协林日慧、前协吴兆纲分守福安、宁德，援剿后镇陈起明守同安港口；后提督吴淑驻大石湖，兼辖同安；扬威前镇陈昌守谢村，左镇陈福守澄海，戎旗一镇林应守井尾、连江、漳浦，左冲镇马兴隆守铜山，昭义镇杨德守五都，奇兵镇黄应守诏安，英兵镇李隆守南澳，房宿镇杨兴守浅山。派楼船左镇朱天贵、右镇刘天福合率水师，以守卫宁波、温州、台州、舟山等地。宣毅左镇邱辉仍驻达濠，以扼守潮惠来方向作为策应。清康亲王因为漳州、泉州已经平定，而郑军还驻守两岛，派佥事朱麟臧来讲和，并寄信说：“曾听说‘顺天者存，逆天者亡’。又说：‘识时务者在乎俊杰’。我国家定鼎，声威所及，四海宾服；这固然是气数所在，亿万人心所归。近来因吴、耿煽乱，贵将军乘机窃据。难道不想想海边一尺之地，怎能与天下抗衡？而执迷于孤岛，自不是识时务的君子。倘若转祸为福，归顺本朝，共享分封之荣，永奠河山之固，传之子孙，岂不是享福无边吗？”郑经以礼相待，商议照朝鲜之例。并复信说：“万古纲常之伦，春秋严华夷之辨，这本是忠臣义士朝夕凛遵而不敢片刻忘记的。我家世受国恩，常思克复旧业，以报深恩，所以枕戈待旦，直到今日。幸遇各藩举义，诚想向中原共同逐鹿。倘若天意厌乱，人心思汉，那么这一旅之师，也可以挽回。何必非要改易衣冠，然后才算识时务的俊杰呢？”不答应。四月，把各位降将迁入台湾。刘炎逃奔清朝，在北京被凌迟处死。六月，刘进忠投降吴三桂，不久又归清，被杀。刘国轩也放弃惠州回来。共十府一时全部丧失。郑经不知该怎么办，军事全部委托刘国轩。刘国轩确实有将才。七月，康亲王又命兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举各加卿衔，派泉州士绅黄志美、吴公鸿辅佐他们，再次申明前议，请求撤回各岛。郑经召集诸将商议，冯锡范请求索要四府作为互市之地。两位使者回去后，宁海将军喇哈达又写信来，大致说：“年来使车往还，议抚议贡，几乎舌敝唇焦了。而至今没有定论，实在是因为贵君臣抱有尽节为明的成见，以为急切议抚，是我朝廷自图便利罢了。议抚的目的，是为保全你君臣的名节，为培植我国家的万年根本。希望您大破拘泥，让我竭尽愚衷，一听贵君臣自择可以吗？从前箕子是殷的忠臣，殷祚既灭，受封朝鲜，以存殷祀。田横是齐的义士，耻于臣汉，与门客都自刎于洛阳。田横虽义，不能与箕子相比。愿贵君臣同于箕子，不要蹈田横的覆辙，那么何不罢兵休士，保全车甲而归台湾，自处于海外宾臣之列？接受封爵随你愿，不接受封爵也随你愿，我朝廷又何惜以穷海远适之地，作为你君臣完全名节的地方？您如果有意，肯降我一定相从。我虽是武人，忝为勋戚，自当特请朝命，饬令各有关部门按时守护贵君臣的先茔，抚恤其族姓宗支，不许兵民侵扰。行三代之旷典，成千秋之美谈，当也是我皇上所不吝惜的。您如果感朝廷之恩，就按时通贡如朝鲜旧例，通商贸易，永无猜嫌，岂不美哉？保国存祀，是至忠；护祖完宗，是至孝；全身远害，是至智；息兵恤民，是至仁；行一事而四善备，你君臣又何苦而不这样做？如果只是悍然不顾，希图旦夕之安，忘先机之哲，一遇议抚，就大言夸词，要地请饷，这是小人挟持您的计谋，很不值得相信。等到事势穷蹙之时，人心一散，祸变难防，同船之人，都成敌国。您虽然想全师而归，恐怕也不可得。而且事势穷蹙之时然后归，又有什么脸面去见父老呢？您应该在内心中决断，与一两个亲信有识之士商议。道旁筑舍，三年不成，很担心身名俱丧。以作为您的耻辱。如果终究不可复合，请断绝音信，虚意周旋，不再有望了。唯您裁断。”郑经得信，大会文武。冯锡范说：“先王在世时，只有两岛，还想大举征伐，以复中原。何况现在又有台湾，进战退守，权操自我。岂能因一败而改变夙志？”
三十二年春二月，伐漳州，数战皆捷，授国轩中提督。当是时，清军大集。国轩及吴淑诸将，兵仅数千，飘骤驰突，略仿成功。清军皆萎腇舌咋，莫敢支吾。六月，清廷以按察司吴兴祚为闽抚，逮郎廷相，以随军布政姚启圣为总督，趣诸军援海澄，皆莫敢进。城破，提督段应举自经，总兵黄蓝巷战死。清军没者凡三万余人、马万余匹。晋国轩武平伯、征北将军，吴淑定西伯、平北将军，何佑左武卫，林升右武卫，江胜左虎卫。于是郑军复振于漳州，几五万人，遂取长泰、同安。七月，乘胜围泉州，徇下属邑。清军又大举来援。国轩率二十八镇还漳州，军溪西，吴淑、何佑军浦南，大战于龙虎山。郑军败绩，郑英、吴正玺死焉。国轩收兵保海澄。九月，启圣遣张雄来讲，请归海澄。不从。
三十二年春二月，攻打漳州，多次交战都胜，授刘国轩为中提督。这时，清军大举集结。刘国轩和吴淑等将，兵仅数千，飘忽驰突，略仿郑成功。清军都畏缩咋舌，无人敢抵挡。六月，清廷任命按察使吴兴祚为闽抚，逮捕郎廷相，任命随军布政使姚启圣为总督，催促各军援救海澄，都无人敢进。城破，提督段应举自缢，总兵黄蓝巷战死。清军损失共三万多人、马万余匹。晋升刘国轩为武平伯、征北将军，吴淑为定西伯、平北将军，何佑为左武卫，林升为右武卫，江胜为左虎卫。于是郑军在漳州重新振作，近五万人，于是攻取长泰、同安。七月，乘胜包围泉州，攻取属下各县。清军又大举来援。刘国轩率二十八镇回漳州，驻军溪西，吴淑、何佑驻军浦南，在龙虎山大战。郑军战败，郑英、吴正玺战死。刘国轩收兵保住海澄。九月，姚启圣派张雄来讲和，请求归还海澄。郑经不答应。
三十三年，经以陈谅为援剿左镇，败清军于定海。冬十月，清军攻萧井塞，不克而还。十一月，吴淑压死于萧井塞，经哭之恸，厚塟之，以其子天驷为建威镇，以统其众。是时清廷复严海禁，移民入内。于是启圣乃开修来馆于漳州，以诱郑将。
三十三年，郑经任命陈谅为援剿左镇，在定海打败清军。冬十月，清军进攻萧井塞，没攻克而回。十一月，吴淑被压死在萧井塞，郑经哭得很悲痛，厚葬了他，任命其子吴天驷为建威镇，以统率其部众。这时清廷再次严行海禁，移民入内地。于是姚启圣在漳州开设修来馆，以引诱郑军将领。
三十四年春正月，清水师提督万正色大举伐思明。经以右武卫林升为督师，率援剿左镇陈谅、左虎卫江胜、楼船左镇朱天贵御之，国轩亦弃海澄来援。战不利，经率诸将归台湾。董夫人召而数之曰：『冯、陈之业衰矣！若辈不才，徒累维桑，则如勿往』。八月，平南将军赉塔复与经书曰：『自海上用兵以来，朝廷屡下招抚之令，而议终不成，皆由封疆诸臣执泥薙发登岸，彼此龃龉。台湾本非中国版图，足下父子自辟荆榛。且眷怀胜国，未常如吴三桂之僭妄，本朝亦何惜海外弹丸，不听田构壮士逍遥其间乎？今三藩殄灭，中外一家，豪杰识时，必不复思嘘已灰之焰，毒疮痍之民。若能保境息兵，则从此不必登岸，不必薙发，不必易衣冠，称臣入贡可也，不称臣不入贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本，于世无患，于人无争，而沿海生灵永息涂炭。唯足下图之』。经从其议，索海澄为互市。启圣执不可，议遂破。
三十四年春正月，清军水师提督万正色大举讨伐思明。郑经任命右武卫林升为督师，率领援剿左镇陈谅、左虎卫江胜、楼船左镇朱天贵抵御，刘国轩也放弃海澄来援。战事不利，郑经率领诸将回台湾。董夫人召见并数落他说：“冯、陈的基业衰落了！你们这些人没有才能，徒然连累家乡，那就不要去了。”八月，平南将军赉塔又给郑经写信说：“自海上用兵以来，朝廷屡次下招抚之令，而议终究不成，都是因为边疆诸臣执泥于剃发登岸，彼此争执。台湾本不是中国版图，足下父子自辟荆棘。而且眷怀前朝，未尝像吴三桂那样僭妄，本朝又何惜海外弹丸之地，不让壮士逍遥其间呢？如今三藩已灭，中外一家，豪杰识时务，必不再想嘘已灭之焰，毒害疮痍之民。如果能保境息兵，那么从此不必登岸，不必剃发，不必改易衣冠，称臣入贡可以，不称臣不入贡也可以。把台湾当作箕子的朝鲜，当作徐福的日本，于世无患，于人无争，而沿海生灵永息涂炭。唯足下考虑。”郑经听从他的建议，索要海澄作为互市之地。姚启圣坚持不可，议遂破。
三十五年夏四月，彗星见。初，经西渡，委政永华，以元子克■〈臧上土下〉为监国。克■〈臧上土下〉年少，明毅果断，有乃祖风，而永华又悉心辅佐，台湾大治。内抚民番，外给饷糈，军无缺之。及经归后，诸将颇事偷息。永华心忧之，请辞兵权，以兵交国轩，未几卒。己而刑官柯平、户官杨英亦相继逝。五月，闻清军有伐台之举，集诸将议。命天兴知府张日曜按屯籍以十一充伍，得胜兵三千余人。七月，彗星再见，仲冬方灭。十月，遣右武卫林升率军巡北鄙，坠鸡笼城。经自归后，不理国政，建园亭于洲仔尾，与诸将落之，驩饮较射，夜以继日。又筑北园别墅，以奉董夫人。诸事尽委克■〈臧上土下〉，军民咸服。
三十五年夏四月，彗星出现。当初，郑经西渡，把政事委托给陈永华，以长子郑克臧为监国。郑克臧年少，明毅果断，有乃祖遗风，而陈永华又悉心辅佐，台湾大治。对内安抚民番，对外供给粮饷，军队不缺粮。等郑经回来后，诸将颇事苟且偷安。陈永华心中忧虑，请求辞去兵权，把兵交给刘国轩，不久去世。接着刑官柯平、户官杨英也相继去世。五月，听说清军有攻台之举，召集诸将商议。命令天兴知府张日曜按屯籍以十分之一充伍，得精兵三千余人。七月，彗星再次出现，到仲冬才消失。十月，派右武卫林升率军巡视北部边境，拆毁鸡笼城。郑经自回来后，不理国政，在洲仔尾建园亭，与诸将落成，欢饮比射，夜以继日。又筑北园别墅，以奉养董夫人。诸事尽委郑克臧，军民都心服。
三十五年春正月朔，监国世子克■〈臧上土下〉率文武朝贺于安平镇，乃入谒董夫人，贺经于洲仔尾。经方命居民，将大放元宵。克■〈臧上土下〉闻之，上启曰：『偏僻海外，地窄民穷，频年征战，几不聊生。兹者屡闻清人整军备舰，意欲东渡。大仇未灭，人心汹汹，何必以数夕之欢；而耗民间一月之食？伏乞崇俭，以培元气，以永国祚』。经嘉之，即止。唯自张宴，与国轩诸将纵饮而已。居无何病革，顾命国轩辅世子。经薨，年三十有九。诸弟扬言曰：『克■〈臧上土下〉非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣』。入告董夫人，即收监国印。国轩不能争。克■〈臧上土下〉既幽别室，诸弟夜命乌鬼杀之。妻陈氏殉。乃立次子克塽为延平郡王，佩招讨大将军印。克塽幼，年十二，以仲父聪驾辅政公。聪贪而懦，军国大事主于国轩、锡范。晋国轩武平俟，锡范忠诚伯。以戎旗四镇董腾率舟师驻澎湖。清人闻丧，宁海将军飞檄台湾，劝纳款。经弟明、智请捐资募兵，锡范不可，国轩许之。克塽以明为左武骧将军，智为右武骧将军。六月，董夫人薨。有恶董腾者，解其兵，以右武卫林升代之。腾，董夫人之弟也。十月，姚启圣计招宾客司傅为霖内应，高寿、蔡恺附之。建威后镇朱友发其事，为霖等伏诛，及怀安侯沈瑞，屠其家。瑞妻，礼官郑斌女也，免之，亦自缢。于是启圣疏荐万正色为陆路提督，施琅为水师提督，谋伐台湾。克塽以国轩为正提督，征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，率诸镇守澎湖。命左武卫何佑为北路总督，智武镇李茂副之，率兵以戌鸡笼。
三十五年春正月初一，监国世子郑克臧率领文武在安平镇朝贺，然后入见董夫人，到洲仔尾祝贺郑经。郑经正命令居民，要大放元宵灯。郑克臧听说后，上启说：“偏僻海外，地窄民穷，连年征战，几乎民不聊生。现在屡次听说清人整军备舰，意欲东渡。大仇未灭，人心惶惶，何必以数夕之欢，而耗费民间一月之食？伏乞崇俭，以培元气，以永国祚。”郑经嘉奖他，立即停止。只自己设宴，与刘国轩等将纵饮而已。过了不久郑经病重，临终遗命刘国轩辅佐世子。郑经去世，年三十九岁。他的弟弟们扬言说：“郑克臧不是我们骨肉，一旦得志，我们就没有遗类了。”入告董夫人，立即收缴监国印。刘国轩不能争。郑克臧被幽禁于别室后，弟弟们夜里命黑奴杀了他。妻子陈氏殉死。于是立次子郑克塽为延平郡王，佩招讨大将军印。郑克塽年幼，年十二岁，以仲父郑聪为辅政公。郑聪贪婪而懦弱，军国大事由刘国轩、冯锡范主持。晋刘国轩为武平侯，冯锡范为忠诚伯。派戎旗四镇董腾率水师驻澎湖。清人闻丧，宁海将军飞檄台湾，劝其归降。郑经弟郑明、郑智请捐资募兵，冯锡范不同意，刘国轩答应。郑克塽任命郑明为左武骧将军，郑智为右武骧将军。六月，董夫人去世。有人憎恶董腾，解除其兵权，以右武卫林升代替他。董腾是董夫人的弟弟。十月，姚启圣设计招降宾客司傅为霖作内应，高寿、蔡恺依附他。建威后镇朱友揭发此事，傅为霖等被处死，牵连怀安侯沈瑞，屠杀其家。沈瑞的妻子是礼官郑斌的女儿，被赦免，也自缢了。于是姚启圣上疏推荐万正色为陆路提督，施琅为水师提督，谋划攻打台湾。郑克塽任命刘国轩为正提督，征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，率领各镇守澎湖。命左武卫何佑为北路总督，智武镇李茂为副，率兵戍守鸡笼。
三十六年春，施琅治兵于平海。三月，竹堑番乱，命左协理陈绛平之。十二月，启圣遣副将黄朝用至澎湖，见国轩，议照朝鲜事例，遂入东宁，冯范、绳武不从。
三十六年春，施琅在平海治兵。三月，竹堑番人作乱，命左协理陈绛平定。十二月，姚启圣派副将黄朝用到澎湖，见刘国轩，商议照朝鲜事例，于是进入东宁，冯锡范、陈绳武不答应。
三十七年春正月，克塽以天兴知州林良瑞如福州，报朝用之聘也。三月，何佑城淡水。五月，淡水通事李沧请采金裕饷。命监纪陈福、宣毅前镇叶明率所部往，遂至卑南觅，不得而还。六月十四日，琅发铜山，会于八罩屿，以窥澎湖。国轩守之，再战而败。林升、邱辉、江胜、陈起明、吴潜、王隆等皆战死，烧没军舰大小二百余艘。国轩知势败，乘走舸入东宁告急。克塽大会文武，议战守之策。建威中镇黄良骥请取吕宋，提督中镇洪邦柱赞之，愿为先锋。锡范将许之，国轩力陈不可，乃议降。以协理礼官郑英平、宾客司林维荣赍表谒琅，并与琅书，请仍居东宁。不可。七月十一日，又遣冯锡圭、陈梦炜、刘国昌再至澎湖，上表曰：『臣生自海外，稚鲁无知，谬继创垂之绪，有乖倾向之诚。迩者楼船西来，旌旗东指，箪壶缓迎于周旅，干羽烦舞于虞阶。自省重愆，诚为莫赎。然思皇灵之赫濯，信知天命之有归。逆者亡，须者昌，乃覆载待物之广大；贰者讨，服者舍，谅圣主与人之甚宽。用遵往时之成命，爰邀此日之殊恩。冀守宗祧以勿失，永作屏翰于东方。业有降表具奏外，及接提督臣施琅来书，以复居故土，不敢主张。臣思既倾心而向化，何难纳土以输诚。兹特缮具表章，并延平王印一颗、册一副及武平侯臣刘国轩印一颗、忠诚伯臣冯锡范印一颗，敬遣刘国昌、冯锡圭赍赴军前，缴奏版籍土地人民，待命境上。数千里之封疆，悉归土宇，百余万之户口，并属版图。遵海而南，永息波涛之警，普天之下，均沾雨露之濡。实圣德之渐被无方，斯遐区之襁负恐后。独念臣全家骨肉，强半孺呱，本系南人，不谙北土。合情乞就闽省地方，拨赐田园庐室，俾免流移之苦，且养赡有资，则蒙高厚之生成，当绘丹青以衔结。至于明室宗亲、格外优待，通邦士庶、轸念绥柔，文武诸官、加恩迁擢，前附后顺、一体垂仁，夙昔结怨、尽与捐除。籍没产业、俱行赐复，尤当广推宽大之仁，明布维新之令。使夫群情允惬，共鼓舞于春风，万汇熙恬，同沐游于化日。斯诚微臣无厌之求，邀望朝廷不次之恩者也』。琅得表，许之，命薙发。宁靖王术桂自以天潢之贵，义不可辱，自缢以殉，妾五人从死。八月十三日，琅至东宁，祭于成功之庙曰：『自同安侯入台，台地始有居民。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何。今琅赖天子之灵、将帅之力，克有兹土。不辞灭国之罪，所以忠朝廷而报父兄之职分也。但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢。中问微嫌，酿成大戾。琅于赐姓，剪为雠敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公谊私恩，如是则己』。祭毕泪下。琅以台湾既定，疏告清廷。归克塽于北京。授汉军公；锡范汉军伯，国轩天津总兵，何佑梧州副将。诸将及明室诸王配之各省。自成功至克塽，凡三世，三十有八年，而明朔亡。
三十七年春正月，郑克塽派天兴知州林良瑞到福州，回报黄朝用的聘问。三月，何佑在淡水筑城。五月，淡水通事李沧请求采金以充军饷。命监纪陈福、宣毅前镇叶明率所部前往，于是到卑南觅，没采到而回。六月十四日，施琅从铜山出发，在八罩屿会合，以窥探澎湖。刘国轩守卫澎湖，两次交战都败。林升、邱辉、江胜、陈起明、吴潜、王隆等皆战死，烧没军舰大小二百余艘。刘国轩知势已败，乘快船入东宁告急。郑克塽大会文武，商议战守之策。建威中镇黄良骥请求攻取吕宋，提督中镇洪邦柱赞成，愿为先锋。冯锡范将要答应，刘国轩力陈不可，于是商议投降。派协理礼官郑英平、宾客司林维荣持表谒见施琅，并给施琅写信，请求仍居东宁。施琅不答应。七月十一日，又派冯锡圭、陈梦炜、刘国昌再到澎湖，上表说：“臣生自海外，稚鲁无知，谬继创垂之绪，有违向往之诚。近来楼船西来，旌旗东指，箪壶迟迎于周旅，干羽烦舞于虞阶。自省重罪，诚为莫赎。然思皇灵之赫耀，信知天命之有归。逆者亡，顺者昌，乃天地待物之广大；贰者讨，服者舍，谅圣主与人之甚宽。用遵往时之成命，爰邀此日之殊恩。冀守宗祧以勿失，永作屏翰于东方。已准备降表具奏外，及接提督臣施琅来书，以复居故土，不敢主张。臣思既倾心而向化，何难纳土以输诚。兹特缮具表章，并延平王印一颗、册一副及武平侯臣刘国轩印一颗、忠诚伯臣冯锡范印一颗，敬遣刘国昌、冯锡圭赍赴军前，缴奏版籍土地人民，待命境上。数千里之封疆，悉归土宇，百余万之户口，并属版图。遵海而南，永息波涛之警，普天之下，均沾雨露之润。实圣德之渐被无方，斯遐区之负襁恐后。独念臣全家骨肉，多半幼弱，本系南人，不谙北土。合情乞就闽省地方，拨赐田园庐室，俾免流移之苦，且养赡有资，则蒙高厚之生成，当绘丹青以衔结。至于明室宗亲，格外优待，通邦士庶，轸念绥柔，文武诸官，加恩迁擢，前附后顺，一体垂仁，夙昔结怨，尽与捐除。籍没产业，俱行赐复，尤当广推宽大之仁，明布维新之令。使群情允惬，共鼓舞于春风，万汇熙恬，同沐游于化日。此诚微臣无厌之求，邀望朝廷不次之恩也。”施琅得表，答应了他，命剃发。宁靖王朱术桂自以天潢之贵，义不可辱，自缢殉国，妾五人从死。八月十三日，施琅到东宁，在成功庙祭祀说：“自同安侯入台，台地始有居民。到赐姓开辟土地，世为岩疆，莫可奈何。今琅赖天子之灵、将帅之力，克有此土。不辞灭国之罪，所以忠朝廷而报父兄之职分也。但琅起于卒伍，与赐姓有鱼水之欢。中间小嫌，酿成大戾。琅与赐姓，虽为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公谊私恩，如此而已。”祭毕流泪。施琅因台湾已定，上疏报告清廷。送郑克塽到北京。授汉军公；冯锡范汉军伯，刘国轩天津总兵，何佑梧州副将。诸将及明室诸王分别安置于各省。自成功至克塽，共三世，三十八年，而明朝正朔灭亡。
连横曰：清同治十三年冬十月，福建将军文煜、总督李鹤年、巡抚王凯泰、船政大臣沈葆桢奏言：『明季遗臣、台阳初祖，生而忠正、没而英灵、恳予赐谥建祠、以顺舆情、以明大义事：掳台湾府进士杨士芳等禀称：窃维有功德于民则祀，能正直而一者为神。明末赐姓延平郡王郑成功者，福建泉州府南安县人。少服儒冠，长遭国恤，感时仗义，移孝作忠。顾寰宇难容洛邑之顽民，向沧溟独辟田横之孤岛。奉故主正朔，垦荒裔山川。传至子孙，纳土内属。维我国家宥过录忠，载在史策。厥后阴阳水旱之沴，时闻吁嗟祈祷之声。肸蠁所通，神应如答。而民间私祭仅附丛祠，身后易名未邀盛典。望古遥集，众心缺然。可否奏请将明故藩郑成功准予追谥建祠，列之祀典等因。并据台湾道夏献纶、台湾府周懋琦等议详前来。臣等伏思郑成功丁无可如何之厄运，抱得未曾有之孤忠，虽烦盛世之斧斤，足砭千秋之顽懦。伏读康熙三十九年圣祖仁皇帝诏曰：『朱成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子，敕遣官护送成功及子经两柩归塟南安，置守冢，建祠祀之』。圣人之言，久垂定论。惟祠在南安，而台郡未蒙敕建，遗灵莫妥，民望徒殷。至于赐谥褒忠，我朝恢廓之规，远轶隆古。如瞿式耜、张同敞等，俱以殉明捐躯，谥之忠宣、忠烈。成功所处，尤为其难，较之瞿、张，奚啻伯仲？合无仰恳天思，准予追谥，并于台郡敕建专祠，俾台民知忠义之大可为，虽胜国亦华衮之所及，于励风俗、正人心之道，或有裨于万一。臣等愚昧之见，是否有当，理合恭折具奏』。诏曰『可』，追谥忠节，建祠台郡，以明季忠义之士百十四人配，而我台建国之大神，永镇兹土矣。
连横说：清同治十三年冬十月，福建将军文煜、总督李鹤年、巡抚王凯泰、船政大臣沈葆桢上奏说：“明季遗臣、台阳初祖，生而忠正、没而英灵、恳予赐谥建祠、以顺舆情、以明大义事：据台湾府进士杨士芳等禀称：窃以为有功德于民则祀，能正直而一者为神。明末赐姓延平郡王郑成功，福建泉州府南安县人。少时穿儒服，长大遭国难，感时仗义，移孝作忠。看天下难容洛邑之顽民，向沧海独辟田横之孤岛。奉故主正朔，垦荒裔山川。传至子孙，纳土内属。我国家宥过录忠，载在史册。此后阴阳水旱之灾，时闻吁嗟祈祷之声。精诚所通，神应如答。而民间私祭仅附于丛祠，身后易名未邀盛典。望古遥集，众心缺然。可否奏请将明故藩郑成功准予追谥建祠，列之祀典等因。并据台湾道夏献纶、台湾府周懋琦等议详前来。臣等伏思郑成功遭无可如何之厄运，抱有未曾有之孤忠，虽烦盛世之斧斤，足砭千秋之顽懦。伏读康熙三十九年圣祖仁皇帝诏说：‘朱成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子，敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安，置守冢，建祠祀之。’圣人之言，久垂定论。惟祠在南安，而台郡未蒙敕建，遗灵莫妥，民望徒殷。至于赐谥褒忠，我朝恢廓之规，远超上古。如瞿式耜、张同敞等，都以殉明捐躯，谥为忠宣、忠烈。成功所处，尤其为难，比之瞿、张，岂非伯仲？请求仰恳天恩，准予追谥，并于台郡敕建专祠，使台民知忠义之大可为，虽前朝亦得褒扬，于励风俗、正人心之道，或稍有裨益。臣等愚昧之见，是否得当，理合恭折具奏。”诏说“可”，追谥忠节，建祠台郡，以明季忠义之士百十四人配祀，而我台建国之大神，永镇此土矣。
绍祖 字象庭，世居福建南安县杨子山下石井乡，娶某氏，生芝龙。
郑绍祖，字象庭，世代居住在福建南安县杨子山下的石井乡，娶某氏，生下郑芝龙。
芝龙 字飞黄，娶日本平户河内浦士人女田川氏，改姓翁氏，生成功及七左卫门。翁氏归国，七左卫门仍居日本。继娶某氏，生四子。
郑芝龙，字飞黄，娶日本平户河内浦一个士人的女儿田川氏，田川氏改姓翁氏，生下郑成功和七左卫门。翁氏回到中国后，七左卫门仍然住在日本。后来又娶某氏，生下四个儿子。
成功 初名森，字大木，少名福松。隆武元年，赐姓朱，改今名，字明俨。二年六月，封忠孝伯。永历二年十月，封威远侯。三年七月，封延平公。十二年正月，晋封延平郡王。娶董氏，生子经等十人。十六年五月，薨于东都。
郑成功，最初名叫森，字大木，小时候名叫福松。隆武元年，被赐姓朱，改名为成功，字明俨。隆武二年六月，被封为忠孝伯。永历二年十月，被封为威远侯。永历三年七月，被封为延平公。永历十二年正月，晋封为延平郡王。娶董氏，生下郑经等十个儿子。永历十六年五月，在东都去世。
世恩 后入北京省父，被杀。
郑世恩，后来进入北京探望父亲，被杀。
世荫 后入北京省父，被杀。
郑世荫，后来进入北京探望父亲，被杀。
世袭 从成功居思明，后入台湾。
郑世袭，跟随郑成功住在思明，后来进入台湾。
世默 后入北京省父，被杀。按七左卫门居日本，似在此五人之外，或则世袭，俟再考。
郑世默，后来进入北京探望父亲，被杀。按：七左卫门住在日本，似乎在这五人之外，或者就是世袭，有待进一步考证。
经 字式夫，号贤之，袭封延平郡王。娶唐氏，生子克塽等七人。妾某氏，生克■〈臧上土下〉。永历三十五年正月，薨于东宁。
郑经，字式夫，号贤之，继承延平郡王的封爵。娶唐氏，生下郑克塽等七个儿子。妾某氏，生下郑克臧。永历三十五年正月，在东宁去世。
明 娶林氏，无出，以裕次子克俊嗣。
郑明，娶林氏，没有子女，以郑裕的次子郑克俊为嗣。
睿 殉于南京之役，无出。
郑睿，在南京战役中殉难，没有子女。
裕 殉于南京之役，娶王氏，生克崇。
郑裕，在南京战役中殉难，娶王氏，生下郑克崇。
温 殉于南京之役，娶刘氏，生克模、克杰。
郑温，在南京战役中殉难，娶刘氏，生下郑克模、郑克杰。
发 早世，以温之子克圭嗣。
郑发，早逝，以郑温的儿子郑克圭为嗣。
克■〈臧上土下〉 立为世子，监国，后遇害。娶陈氏，无出。
郑克臧，被立为世子，代理国政，后来遇害。娶陈氏，没有子女。
克塽 袭封延平郡王。永历三十七年归清，改封汉军公。娶冯氏，继娶史氏，生安世、安邦、安国。
郑克塽，继承延平郡王的封爵。永历三十七年归降清朝，改封为汉军公。娶冯氏，继娶史氏，生下郑安世、郑安邦、郑安国。
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